总公司是否会向农民工代理付工资，这并非一个绝对的问题，而是取决于多种因素和具体情况。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 合同约定与内部规定：

   • 如果总公司与农民工或其所在的劳务公司、包工头等签订了相关合同，并且合同中明确规定了总公司有义务或同意代理支付工资，那么总公司就会按照合同约定进行支付。
   • 同样，如果总公司内部有相关规定或政策，要求或允许其代理支付农民工工资，那么总公司也会根据这些规定或政策来执行。

2. 实际支付情况与行业惯例：

   • 在某些行业或地区，可能存在总公司直接支付农民工工资的惯例或做法。这通常是为了确保工资的及时支付、避免拖欠或纠纷，以及维护公司的声誉和形象。
   • 然而，在其他情况下，农民工的工资可能由劳务公司、包工头或直接由用工单位支付，总公司并不直接参与。

3. 法律责任与风险防控：

   • 从法律责任的角度来看，如果总公司作为用工单位或相关责任方，有义务确保农民工工资的支付，并且未能履行这一义务，那么总公司可能需要承担相应的法律责任。
   • 为了防控法律风险，一些总公司可能会选择代理支付工资，以确保工资的及时、足额支付，并避免因此产生的法律纠纷和负面影响。

4. 特殊情况下的代理支付：

   • 在某些特殊情况下，如劳务公司或包工头出现资金问题、破产或逃逸等，总公司可能会出于社会责任、道德义务或法律要求，选择代理支付农民工工资，以保障农民工的合法权益。

针对您的情况，我建议：

• 如果您是农民工或代表农民工一方，首先应查看与总公司或相关方签订的合同，了解其中关于工资支付的约定。
• 如果合同中没有明确规定，或者您对合同内容有疑问，可以与总公司或相关方进行沟通协商，明确工资支付的责任方和方式。
• 如果遇到工资拖欠或纠纷等问题，您可以及时向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。