农民工工资支付申请并非必须由总公司申请，具体需根据项目实际情况和合同约定来确定，以下是详细分析：

1. 合同约定优先：

   • 如果农民工与总公司直接签订了劳动合同，那么工资支付申请通常应由总公司负责。
   • 如果农民工是与分公司、项目部或承包商签订的劳动合同，那么工资支付申请则应由这些实际用工单位负责。合同是确定工资支付责任的关键依据，因此必须仔细审查合同条款。

2. 实际用工关系：

   • 农民工的工资支付责任应与其实际用工关系相匹配。如果农民工是在分公司的项目上工作，那么分公司作为实际用工单位，应承担工资支付的责任。
   • 总公司可能对分公司的工资支付情况负有监督和管理责任，但并不意味着总公司必须直接申请支付农民工工资。

3. 法律责任与监管：

   • 根据相关法律法规，用工单位有义务按时足额支付农民工工资。如果用工单位未履行这一义务，将可能面临法律责任，包括被责令支付工资、加付赔偿金等。
   • 政府部门对农民工工资支付情况负有监管责任，会定期或不定期地进行检查和监督，确保农民工的合法权益得到保障。

4. 实际操作建议：

   • 对于农民工而言，应保留好与用工单位签订的劳动合同、工资条等证据材料，以便在发生工资纠纷时维护自己的合法权益。
   • 如果遇到工资支付问题，农民工可以先与用工单位协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

建议：在实际操作中，农民工应明确自己的用工单位，并了解相关的工资支付政策和流程。如果遇到工资支付问题，应及时咨询并寻求法律帮助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。