企业代发农民工工资是否需要申请，需分情况讨论：

1. 若企业与农民工存在直接劳动关系
   根据《保障农民工工资支付条例》第三十一条，企业无需额外申请即可直接发放工资，但需履行以下义务：

   • 通过银行转账或现金形式足额支付工资，不得以实物或有价证券替代；
     
   • 编制书面工资支付台账（含支付日期、金额、劳动者签名等信息），并保存至少3年；
     
   • 在工程项目所在地银行开设农民工工资专用账户，专项用于支付工资（施工总承包单位需强制开设，分包单位可协商使用）。

2. 若企业作为总承包单位代发分包单位农民工工资
   根据《保障农民工工资支付条例》第三十一条，需通过专用账户代发，且需满足以下条件：

   • 分包单位需委托总承包单位代发，并签订书面委托协议；
     
   • 总承包单位需根据分包单位编制的工资支付表，通过专用账户直接将工资支付至农民工个人银行账户；
     
   • 此过程无需向劳动行政部门单独申请，但需确保专用账户资金充足且专款专用。

3. 若企业通过第三方平台代发工资
   需确保平台具备合法资质（如人力资源服务许可证），并签订书面服务协议，明确双方权利义务。若平台违规操作导致工资拖欠，企业可能需承担连带责任。

风险提示：

• 若企业未履行上述义务（如未开设专用账户、未编制工资台账），可能面临劳动行政部门责令改正、罚款（5万-10万元）等处罚；
  
• 若因代发问题导致农民工工资被挪用、截留，企业可能需先行清偿，再向相关方追偿。

建议：

• 企业应完善工资支付制度，保留支付凭证；
  
• 若涉及分包或第三方代发，务必签订书面协议并监督资金流向；
  
• 遇到工资纠纷时，可携带劳动合同、工资条等证据向我咨询具体维权方案。