结论前置：公司以未写工作报告为由扣减绩效，是否合法需分情况判断，具体如下：

1. 若公司规章制度明确规定“未提交工作报告属于绩效扣减情形”且程序合法
   根据《劳动合同法》第四条，公司可通过民主程序制定规章制度（如职工代表大会讨论、公示等），若制度中明确将“未提交工作报告”列为绩效扣减的合法依据，且该制度已告知员工（如签字确认、系统公示），则公司扣减绩效的行为可能被认定为合法。
   建议：员工可先核查公司制度是否满足以下条件：

   • 制度内容不违反法律强制性规定（如扣减后工资不得低于当地最低工资标准）；
     
   • 制度制定程序合法（民主协商、公示）；
     
   • 员工已知晓制度内容（如签字确认）。
     若均符合，员工需接受扣减；若制度存在瑕疵，可进一步主张权利。

2. 若公司制度未规定或规定违法，或扣减行为缺乏合理性

   • 制度未规定：若公司未在规章制度中明确“未提交工作报告”与绩效扣减的关联，直接扣减可能缺乏依据，员工可主张公司补发工资。
     
   • 制度违法：若制度规定“扣减比例过高”（如扣减后工资低于最低工资标准）或“未提交报告即视为严重违纪”（与行为后果不匹配），可能因违反《劳动合同法》第二十五条（禁止非法扣减工资）或第三十九条（严重违纪解雇需合理）被认定无效。
     
   • 缺乏合理性：若员工因客观原因（如突发疾病、系统故障）无法提交报告，且已及时沟通说明，公司仍扣减绩效的，可能被认定为滥用管理权，员工可要求撤销扣减。
     建议：员工可收集证据（如制度文本、沟通记录、工资条），通过以下途径维权：
     
   • 与公司协商补发工资；
     
   • 向当地劳动监察大队投诉（需在知道权益受损之日起2年内）；
     
   • 申请劳动仲裁（需在纠纷发生后1年内提出）。

补充说明：绩效扣减的本质是公司对员工履职情况的评价，但评价标准需合法、合理且透明。若公司仅以“未提交报告”这一单一行为否定员工整体工作表现，可能涉嫌“以偏概全”，员工可主张公司重新评估绩效。

如有进一步疑问（如制度条款解读、证据收集方法），可直接向我咨询，我会结合具体细节为您分析。