结论：在两个协议合伙做工程的情况下，一方造假发票和挪用资金的行为确实可能构成违法犯罪，具体涉及虚开发票罪和挪用资金罪。
一、造假发票的违法性分析
法律条款：
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条的规定，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，构成虚开发票罪。即使不是增值税专用发票，如果虚开的是其他发票且情节严重，也可能构成其他相关犯罪，如非法制造、出售非法制造的发票罪等。
行为后果：
- 造假发票不仅违反了税收管理法规，还可能导致国家税收的流失，损害国家利益。对于虚开发票的行为，税务机关会依法进行税务处罚，包括罚款、没收违法所得等。
- 如果虚开发票的数额较大或者情节严重，还可能构成犯罪，面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役和罚金等。
合伙关系中的责任：
- 在合伙关系中，如果一方造假发票，不仅自己要承担法律责任，还可能对合伙企业造成负面影响，如税务处罚、信誉损失等。其他合伙人也可能因此受到牵连，面临法律风险。
二、挪用资金的违法性分析
法律条款：
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百七十二条的规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的，构成挪用资金罪。
行为后果：
- 挪用资金的行为严重违反了财务管理规定和职业道德，损害了单位的利益。对于挪用资金的行为，单位可以依法追究行为人的民事责任，要求其赔偿损失。
- 如果挪用资金的数额较大或者情节严重，还可能构成犯罪，面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役和罚金等。
合伙关系中的责任：
- 在合伙关系中，如果一方挪用合伙资金，不仅违反了合伙协议的约定，还可能对合伙企业的正常运营造成严重影响。其他合伙人有权要求挪用资金者归还资金，并赔偿因此造成的损失。
- 如果挪用资金的行为构成犯罪，挪用者将面临刑事处罚，同时其他合伙人也可能因管理不善或监督不力而承担一定的法律责任。
三、综合建议
- 立即停止违法行为：如果发现自己或合伙人有造假发票或挪用资金的行为，应立即停止，并主动向相关部门坦白，争取从轻处理。
- 积极配合调查：在相关部门进行调查时，应积极配合，提供真实、完整的证据和信息，以便尽快查明事实真相。
- 寻求法律帮助：如果面临法律纠纷或刑事指控，应及时寻求专业律师的帮助，了解自己的权利和义务，制定合理的辩护策略。
最后，合伙做工程需要建立在诚信、合法的基础上。任何违法犯罪行为都可能对个人和合伙企业造成严重的后果。因此，建议各方在合作过程中严格遵守法律法规和合伙协议的约定，共同维护合伙企业的利益和声誉。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。