外卖员申请离职后，公司扣除奖励补贴是否合法，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、奖励补贴的性质与约定
奖励补贴若属于工资组成部分：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工资是劳动者因提供劳动而应获得的报酬，包括基本工资、奖金、津贴和补贴等。
- 若奖励补贴明确属于工资的一部分，且外卖员在离职时已满足获得该奖励补贴的条件（如完成一定的工作任务、达到一定的业绩标准等），则公司无权扣除。
奖励补贴若属于非工资性福利或激励：
- 如果奖励补贴是公司为了激励员工而设立的，且明确约定了获得条件（如在职时间、工作表现等），且这些条件与离职相关联（如“在职满一年方可获得年终奖金”），则外卖员在离职时可能无法获得该奖励补贴。
- 但即便如此，公司也需确保扣除行为符合劳动合同或公司规章制度的规定，且这些规定本身不违反法律法规的强制性规定。
二、劳动合同与规章制度的规定
劳动合同约定：
- 若劳动合同中明确规定了奖励补贴的发放条件、时间及离职时的处理方式，则双方应按照合同约定执行。
- 若合同未明确规定，则需参考公司规章制度或相关法律法规。
公司规章制度：
- 公司规章制度若经过民主程序制定，且已向劳动者公示或告知，则对劳动者具有约束力。
- 若规章制度中明确规定了离职时奖励补贴的扣除情况，且该规定不违反法律法规的强制性规定，则公司有权按照规章制度执行。
三、法律法规的强制性规定
- 无论劳动合同或公司规章制度如何规定，均不得违反法律法规的强制性规定。
- 例如，若扣除奖励补贴导致外卖员的工资低于当地最低工资标准，则该扣除行为违法。
四、实际操作建议
外卖员角度：
- 在离职前，应仔细阅读劳动合同及公司规章制度，了解奖励补贴的发放条件及离职时的处理方式。
- 若认为公司扣除奖励补贴的行为违法或不合理，可与公司协商解决；协商无果的，可向劳动争议调解委员会申请调解，或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
公司角度：
- 在制定劳动合同及公司规章制度时，应明确奖励补贴的发放条件、时间及离职时的处理方式，确保规定合法合规。
- 在扣除奖励补贴时，应确保扣除行为符合劳动合同或公司规章制度的规定，且不违反法律法规的强制性规定。
总结来说，外卖员申请离职后公司扣除奖励补贴是否合法，需根据奖励补贴的性质、劳动合同及公司规章制度的规定以及法律法规的强制性规定进行综合判断。若外卖员对此有疑问或认为公司行为违法，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见。