结论前置：员工提交辞职报告后，公司三个月后才同意离职，辞职报告是否生效需分情况讨论，一般情况下，若员工未撤回辞职报告且公司同意时员工仍在职，则辞职报告生效；若员工已撤回或公司同意时员工已离职，则辞职报告不生效。

详细分析：

1. 辞职报告的法律性质：

   • 辞职报告是员工向公司表达离职意愿的书面文件，属于单方民事法律行为。一旦员工提交辞职报告，即表明其有离职的意愿，且该意愿在提交时即产生法律效力（但需注意，此处的“法律效力”仅指员工表达了离职的意愿，并不直接导致劳动关系立即解除）。

2. 辞职报告的生效条件：

   • 辞职报告的生效并不完全取决于公司的同意。根据《劳动合同法》的规定，员工提前三十日以书面形式通知公司，可以解除劳动合同。这意味着，员工提交辞职报告后，只要满足法定条件（如提前三十日通知），即有权在三十日后离职，无需公司额外同意。
   • 然而，在实际操作中，公司可能会要求员工等待一段时间以处理工作交接等事宜。若员工同意等待，并在此期间未撤回辞职报告，则当公司同意离职时（无论是否在三十日后），辞职报告均视为生效。

3. 公司三个月后才同意离职的情况：

   • 若员工未撤回辞职报告且公司同意时员工仍在职：在此情况下，辞职报告已满足生效条件（员工表达了离职意愿，且公司最终同意），因此辞职报告生效。员工应按照公司的要求办理离职手续。
   • 若员工已撤回辞职报告：若员工在提交辞职报告后，因各种原因（如公司挽留、个人原因等）决定撤回辞职报告，并已明确告知公司，则辞职报告不再生效。此时，公司三个月后的同意离职行为将缺乏法律依据，员工有权拒绝。
   • 若公司同意时员工已离职：若员工在提交辞职报告后，未等待公司同意即自行离职（如未满三十日即离职），或虽等待但公司同意时员工已因其他原因离职（如被解雇、退休等），则辞职报告在公司同意时已失去实际意义，不再生效。

法律建议：

• 对于员工而言，若已提交辞职报告并希望离职，建议与公司沟通明确离职时间，并保留好相关证据（如辞职报告、公司同意离职的书面文件等）。若公司拖延同意离职时间，员工可依据《劳动合同法》的规定，在提前三十日通知后自行离职。
• 对于公司而言，若收到员工的辞职报告，应及时与员工沟通离职事宜，并尽快办理离职手续。若因特殊原因需要员工等待一段时间再离职，应与员工协商一致并签订书面协议，以避免不必要的法律纠纷。

可能法律后果：

• 若员工未依法提前通知公司即离职，可能构成违法解除劳动合同，需承担相应的法律责任（如赔偿公司损失等）。
• 若公司无正当理由拖延同意员工离职时间或拒绝员工离职申请，可能构成违法解除劳动合同或违反劳动法规定，需承担相应的法律责任（如支付经济补偿金、赔偿员工损失等）。