针对您提出的“在公司入职5年但社保每年一签是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

首先，我们需要明确的是，社保的缴纳是基于劳动者与用人单位之间建立的劳动关系，而非基于双方签订的社保缴纳协议的期限。根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位有责任为其职工按时足额缴纳社会保险费，这是用人单位的法定义务，不能通过任何形式的协议或约定来规避。

接下来，我们分析您提到的“社保每年一签”的情况。这种做法实际上可能是指用人单位与劳动者每年签订一次社保缴纳的协议或确认书。然而，这种做法并不改变社保缴纳的法定义务性质。无论协议或确认书的期限如何，用人单位都必须按照法律规定为劳动者缴纳社保，且缴纳的基数和比例应符合相关规定。

进一步地，我们来看社保缴纳基数的确定。根据《关于规范社会保险缴费基数有关问题的通知》的规定，职工的社保缴费基数一般是按职工上一年度月平均工资（或个人上月工资）来确定，同时设置了上限和下限。这意味着，社保缴纳基数并非可以随意确定，而是有一定的法律依据和标准。

现在，我们回到您的问题本身。如果公司在您入职5年期间，每年都与您签订社保缴纳的协议或确认书，但并未按照法律规定为您足额缴纳社保，或者缴纳的基数不符合规定，那么这种做法是不合法的。您有权要求公司按照法律规定为您补缴社保，并可以依法向相关部门投诉或寻求法律援助。

此外，我还想提醒您的是，社保缴纳不仅关乎您的当前权益，也关乎您的未来保障。因此，建议您密切关注自己的社保缴纳情况，确保公司按照法律规定为您足额缴纳社保。如果发现公司存在违规行为，应及时与公司沟通并要求纠正；如果沟通无果，可以向当地社保部门或劳动监察部门投诉举报。

综上所述，社保的缴纳是基于劳动关系而产生的法定义务，不能通过任何形式的协议或约定来规避。公司在您入职5年期间每年与您签订社保缴纳的协议或确认书，并不改变其缴纳社保的法定义务。如果公司存在违规行为，您有权要求其纠正并依法维护自己的权益。