员工在发现公司存在违法行为时，其处理方式及责任界定主要取决于员工在公司违法行为中所扮演的角色以及其是否知晓并参与了这些行为。以下是对此问题的详细解答：
一、员工责任界定
不知情员工：
- 如果员工对公司的违法行为毫不知情，那么他/她无需为公司的违法行为承担任何责任。员工在正常履行工作职责的过程中，若未参与或知晓公司的非法活动，其个人行为与公司的违法行为无直接关联。
知情且参与员工：
- 如果员工明知公司存在违法行为，却仍然选择参与或协助实施，那么他/她就有可能需要承担相应的法律责任。具体责任的大小取决于员工在共同犯罪中所扮演的角色和所起的作用。
- 在共同犯罪中，组织、领导犯罪集团进行犯罪活动的或者在其中发挥主要作用的人员，将被认定为主犯，承担更重的法律责任。
- 若员工在共同犯罪中仅起到次要或辅助作用，那么他/她可能承担较轻的刑事责任。
二、公司及相关责任人责任
- 当公司涉及非法集资等违法行为时，应由公司及其相关的法定代表人和直接责任人来承担相应的民事和刑事责任。这些责任人包括但不限于公司的法定代表人、高管以及直接参与非法活动的员工。
三、法律依据
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法吸收公众存款或者变相吸收公众存款，扰乱金融秩序的，将受到法律的制裁。具体处罚措施包括有期徒刑、拘役以及罚金等。
- 单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。
四、员工应对建议
保持警惕：
- 员工在日常工作中应保持对公司的运营活动保持警惕，及时发现并报告任何可疑或违法的行为。
咨询法律意见：
- 如果员工发现公司存在违法行为，且不确定自己是否涉及其中，建议咨询专业律师或法律机构，以获取准确的法律意见。
保护自身权益：
- 在确保自身安全的前提下，员工可以积极向相关部门举报公司的违法行为，以保护自身和其他员工的合法权益。
遵守法律法规：
- 员工应严格遵守国家的法律法规，不参与任何违法活动，以免给自己和他人带来不必要的法律风险。
综上所述，员工在发现公司存在违法行为时，应根据自己的知情情况和参与程度来界定责任，并采取相应的应对措施。同时，员工也应积极遵守法律法规，保护自身和他人的合法权益。