当公司违法并危害到员工的合法权益时，员工可以采取一系列合法且有效的措施来维护自己的权益。以下是一个详细且有条理的处理流程：

一、与公司协商

首先，员工可以尝试与公司进行协商，明确指出公司行为对自己权益的侵害，并要求公司停止侵权行为，恢复应有的权益，如支付拖欠的工资、补缴社保等。这是解决纠纷的便捷途径，有助于双方快速达成和解。

二、向劳动监察部门投诉

若协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门会依法对公司进行调查，并责令其改正违法行为。在投诉时，员工需要提供相关证据，如劳动合同、工资条、工作证、考勤记录等，以证明自己的权益受到了侵害。

三、申请劳动仲裁

员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在仲裁过程中，员工需要提交详细的仲裁申请书和相关证据，如劳动合同、工资单、工作记录等。仲裁委将根据事实和法律进行裁决，裁决结果具有终局性，对双方均有约束力。若公司不履行裁决，员工可以进一步向法院申请强制执行。

四、提起诉讼

若员工对仲裁结果不服，可以在法定期限内向法院提起诉讼。通过司法途径，员工可以要求公司承担相应的法律责任，如支付赔偿金、恢复名誉等。在诉讼过程中，员工需要准备充分的证据，以支持自己的诉讼请求。

五、其他途径

除了上述途径外，员工还可以根据具体情况向相关行业主管部门或工会等组织反映，寻求帮助和支持。这些组织可能会提供法律咨询、调解等服务，有助于员工更好地维护自己的权益。

六、注意事项

在整个处理过程中，员工需要注意以下几点：

1. 保留证据：员工需要妥善保留所有能证明自己权益受侵害的证据，如劳动合同、工资条、工作证、考勤记录等。这些证据对于维护自身权益至关重要。
2. 及时行动：员工在发现自己的权益受到侵害后，应及时采取行动，避免错过维权时机。
3. 合法维权：员工在维权过程中应遵守法律法规，不得采取过激行为或违法手段。

综上所述，当公司违法并危害到员工的合法权益时，员工可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁、提起诉讼等途径来维护自己的权益。同时，员工需要注意保留证据、及时行动和合法维权。