针对公司员工违规的处理问题，这确实是一个涉及企业管理、劳动法规以及员工权益保护的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、处理原则
在处理员工违规行为时，公司应遵循公正公平、集体讨论决定的原则，同时坚持宽严相济，惩戒与教育相结合。这意味着在决定处罚措施时，要充分考虑违规行为的性质、情节以及后果，确保处罚既具有威慑力，又能起到教育员工、防止类似行为再次发生的作用。此外，公司还应坚持法治原则，以事实为根据，以法律为准绳，依法保障员工的合法权益。
二、适用对象与范围
处理员工违规行为时，首先要明确适用对象和范围。这通常依据公司的规章制度以及相关法律法规来确定。例如，对于国有企业管理人员，其处分工作需遵循《国有企业管理人员处分条例》等相关规定。对于其他员工，则依据公司内部的规章制度以及《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等法律法规进行处理。
三、处分种类与适用
公司应根据违规行为的严重程度，合理选择处分种类。处分种类可能包括警告、记过、降级、撤职、开除等。在决定处分种类时，公司应确保处分与违规行为的性质、情节以及后果相适应，避免过度处罚或处罚不足。同时，公司还可以考虑将“三个区分开来”有关要求转化为从轻或者减轻处分的情形，以体现宽严相济的原则。
四、具体处理措施
调查核实：在处理员工违规行为前，公司应首先进行调查核实，确保掌握充分的事实依据。这可以通过询问当事人、查阅相关记录、调取监控视频等方式进行。
集体讨论：根据调查结果，公司应组织相关部门或人员进行集体讨论，决定处罚措施。集体讨论可以确保处罚决定的公正性和合理性。
告知与申诉：在作出处罚决定前，公司应告知员工违规事实、处罚依据以及处罚措施，并听取员工的陈述和申辩。员工对处罚决定有异议的，可以提出申诉，公司应依法进行复核和处理。
执行处罚：经集体讨论决定并告知员工后，公司应依法执行处罚措施。在执行过程中，公司应确保处罚措施的合法性和合理性，避免侵害员工的合法权益。
五、注意事项
避免经济性处罚：根据相关法律法规，公司应避免使用罚款、停工、降薪等经济性处罚措施来管理员工。这些措施可能侵害员工的劳动权和获得劳动报酬的权利，从而引发劳动争议。
制定合理规章制度：公司应依法制定和完善劳动规章制度，明确员工的行为规范和处罚措施。规章制度应合理合法、奖惩分明，既能约束员工行为，又能激励员工积极工作。
加强培训与沟通：公司应加强对员工规章制度的培训力度，确保员工知悉并遵守相关规定。同时，公司还应建立有效的沟通机制，及时听取员工的意见和建议，解决员工在工作中遇到的问题和困难。
六、案例参考
以某运输公司驾驶员陈某违规带走公司车辆证件为例，虽然陈某的行为确实违反了公司规章制度，但公司作出的停工三个月、以最低工资标准支付劳动报酬的处罚措施被法院认定为超出合理限度。这提醒我们，在处理员工违规行为时，公司应充分考虑处罚措施的合理性和合法性，避免侵害员工的合法权益。
综上所述，处理公司员工违规行为需要遵循公正公平、集体讨论决定的原则，坚持宽严相济、惩戒与教育相结合的原则，并依法制定和完善劳动规章制度。在处理过程中，公司应确保处罚措施的合理性和合法性，避免侵害员工的合法权益，从而构建和谐稳定的劳动关系。