与个体工商户签订合作协议，一般情况下不能直接去劳动仲裁，但具体需根据合作协议的实质内容及双方实际关系来判断。以下从不同角度进行分析：
合作协议与劳动合同的区别：
- 合作协议：通常指的是双方基于平等、自愿原则，就某一具体项目或业务进行的合作约定，强调的是合作双方的共同投入、共享收益、共担风险。合作协议中的双方往往不构成劳动关系，而是更接近于一种民事合作关系。
- 劳动合同：是劳动者与用人单位之间确立劳动关系，明确双方权利和义务的协议。劳动合同具有人身依附性，劳动者需接受用人单位的管理，遵守用人单位的规章制度，并从事用人单位安排的工作。
劳动仲裁的适用范围：
- 劳动仲裁主要适用于因确认劳动关系发生的争议，以及因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同等发生的争议。如果双方签订的是合作协议，且该协议并不具备劳动合同的实质要件，那么双方之间的争议通常不属于劳动仲裁的受理范围。
实际关系的判断：
- 尽管双方签订的是合作协议，但如果在实际履行过程中，一方对另一方进行了实质上的管理，如安排工作、支付工资、提供劳动条件等，且另一方也接受了这种管理，那么双方之间可能实际上构成了劳动关系。在这种情况下，即使签订的是合作协议，也可能被认定为劳动合同，从而可以申请劳动仲裁。
建议与措施：
- 审查协议内容：首先，应仔细审查合作协议的内容，明确双方的权利和义务，判断该协议是否具备劳动合同的实质要件。
- 收集证据：如果认为双方之间实际上构成了劳动关系，应收集相关证据，如工作记录、工资支付凭证、考勤记录等，以证明双方之间的实际关系。
- 咨询专业律师：在不确定的情况下，建议咨询专业律师，以便更准确地判断双方之间的关系性质，并采取相应的法律措施。
若双方之间确实构成了劳动关系，但签订的是合作协议，且因此发生争议，可以先尝试与对方协商解决。如果协商无果，且符合劳动仲裁的受理条件（即双方之间存在劳动关系争议），则可以向当地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。但在此之前，务必确保有充分的证据证明双方之间实际上构成了劳动关系。
若双方之间并不构成劳动关系，而是民事合作关系，那么因合作协议产生的争议应通过民事诉讼途径解决，即向人民法院提起诉讼。
总之，与个体工商户签订合作协议能否去劳动仲裁，需根据合作协议的实质内容及双方实际关系来判断。如有疑问，建议直接向我咨询，以便更准确地解答你的问题。