有签合作协议，是否能申请劳动仲裁，主要取决于双方之间的实际法律关系。以下是对此问题的详细分析：
一、能申请劳动仲裁的情况
实质构成劳动关系：
- 如果合作协议的内容实质上符合劳动关系的特征，即使名为“合作协议”，也可能被认定为劳动关系。劳动关系的特征包括：一方是符合法定条件的用人单位，另一方是符合劳动年龄、具有劳动能力的自然人；劳动者需接受用人单位的管理和指挥，遵守其规章制度，如考勤、工作流程等；用人单位定期以货币形式支付劳动报酬，如工资、奖金等，且支付周期相对固定；劳动者的工作是用人单位业务的组成部分。
- 举例：某程序员与公司签订的“合作协议”中，若约定了固定的上下班时间、遵守公司规章制度、按月发放工资等，则该协议实质上构成了劳动关系，程序员有权申请劳动仲裁。
视为劳动合同的情况：
- 如果合作协议书实际上具备了劳动合同的主要条款，如工作内容、地点、时间，以及工资和福利待遇等，那么它实质上与劳动合同无异。在此情况下，若发生劳动争议，劳动者可以向劳动仲裁机构申请仲裁。
二、不能申请劳动仲裁的情况
平等主体之间的合作关系：
- 如果合作协议体现的是平等主体之间基于合作、合伙、委托代理、承揽等其他民事法律关系，不存在劳动关系的从属性等特征，则不属于劳动关系。常见情况包括合作经营、委托代理、承揽合同关系等。
- 举例：某设计师与服装公司签订的“合作协议”，若设计师自行安排工作时间和工作方式，只在规定时间内交付设计成果，并收取设计费用，则双方构成承揽合同关系，发生争议时应通过民事诉讼解决。
普通商业合作协议：
- 如果合作协议书仅为普通的商业合作协议，不涉及劳动关系，如公司间的业务合作或个人与公司间某个项目的合作，则不能申请劳动仲裁。对于此类纠纷，应根据协议的具体内容，可能通过法院起诉或其他途径解决。
三、建议
- 明确协议性质：在签订合作协议前，双方应明确协议的性质是劳动合同还是民事合同，以避免后续纠纷时对解决途径产生争议。
- 约定争议解决方式：建议在合作协议中明确约定争议解决方式，如选择仲裁（商事仲裁）或诉讼等，以便在发生纠纷时能够迅速有效地解决。
总结来说，有签合作协议并不意味着一定能或不能申请劳动仲裁，关键在于判断该协议书的实际性质和内容是否构成劳动关系。若构成劳动关系，则可以申请劳动仲裁；若不构成，则不能申请，而应通过其他途径解决纠纷。在签订合作协议时，双方应明确协议性质并约定争议解决方式，以避免后续纠纷的发生。如果你有具体的合作协议或相关纠纷，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律建议。