结论：工厂在员工离职时才拿出之前未扣除的因员工造成损失的赔偿进行扣除，这一做法是否合理，需根据具体情况来判断，若工厂有合法合理的规章制度且员工造成损失属实，同时扣除金额未超出法定范围，则可能合理；反之，则不合理。以下从不同角度进行分析：
一、工厂规章制度的角度
规章制度合法性：
- 工厂若要在员工工资中扣除因员工造成损失的赔偿，首先需确保其规章制度合法有效。这包括规章制度的制定程序合法（如经过民主程序制定、公示或告知员工等）以及内容合法（不违反法律法规的强制性规定）。
- 若工厂规章制度未经过合法程序制定或内容违法，则该规章制度对员工不具有约束力，工厂不能据此扣除员工工资。
规章制度合理性：
- 即使工厂规章制度合法，也需考虑其合理性。规章制度应明确规定员工造成损失时的赔偿方式和标准，以及扣除工资的具体条件和程序。
- 若规章制度中未明确规定离职时才扣除赔偿，或扣除方式显失公平（如扣除金额过高、扣除时间过长等），则工厂的做法可能不合理。
二、员工造成损失的事实及赔偿范围
损失事实：
- 工厂需证明员工确实造成了损失，且该损失与员工的工作行为有直接因果关系。若工厂无法证明损失事实或损失与员工行为无直接关联，则无权要求员工赔偿。
赔偿范围：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 因此，工厂扣除员工工资的金额需在法定范围内，且需确保扣除后员工工资不低于当地最低工资标准。
三、扣除时间的合理性
及时扣除原则：
- 一般来说，工厂应在发现员工造成损失后及时与员工沟通，并按照规章制度或劳动合同的约定扣除赔偿。若工厂选择在员工离职时才扣除赔偿，可能引发员工对扣除合理性的质疑。
特殊情况处理：
- 若员工在离职前工厂尚未发现损失或尚未确定损失金额，工厂在离职时提出扣除赔偿可能具有一定的合理性。但此时工厂需提供充分证据证明损失事实及金额，并确保扣除金额在法定范围内。
四、建议
- 对工厂：建议工厂在制定规章制度时明确员工造成损失时的赔偿方式和标准，以及扣除工资的具体条件和程序。在发现员工造成损失后，应及时与员工沟通并按照规章制度处理，避免在员工离职时才提出扣除赔偿，以减少纠纷。
- 对员工：若工厂在离职时提出扣除赔偿，员工应要求工厂提供充分证据证明损失事实及金额，并核对扣除金额是否在法定范围内。若员工认为工厂的做法不合理或违法，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
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