建设工程队挂靠有资质的公司时，工程款是否可以以挂靠公司的名义起诉发包方，需分情况讨论：
合同关系直接且合法有效
- 若挂靠公司（即被挂靠的有资质企业）与发包方直接签订了建设工程施工合同，并且该合同合法有效，那么挂靠公司作为合同的一方主体，有权依据合同约定直接向发包方主张工程款。这种情况通常出现在地方政策或行业规范要求必须由具备特定资质的企业作为合同签订方时。
构成表见代理
- 若挂靠公司虽未直接与发包方签订合同，但其行为（如提供资质文件、参与前期洽谈等）导致发包方有合理理由相信挂靠人是代表挂靠公司进行施工，从而构成表见代理。在此情况下，挂靠公司同样可以向发包方主张工程款，但需提供充分证据证明表见代理的存在，如发包方的合理信赖依据、挂靠公司的行为表现等。
实际参与施工管理并投入资源
- 如果挂靠公司在施工过程中实际参与了工程管理，如派遣技术人员、管理人员对工程质量、进度等进行把控，或提供了部分施工设备、材料等，那么它可以基于其实际投入和贡献，向发包方或挂靠人主张相应的工程款份额。这要求挂靠公司提供确凿的证据证明其实际参与和投入，如施工记录、设备材料供应单据等。
挂靠协议中的约定
- 尽管挂靠行为本身违法，但如果挂靠公司与挂靠人之间签订的挂靠协议中明确约定了在特定条件下挂靠公司可以主张工程款，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么在符合约定条件时，挂靠公司可以依据该协议向挂靠人主张权利。然而，由于挂靠协议的无效性，这种约定在法律上的效力可能受到质疑，因此需谨慎对待，并优先考虑通过合法途径解决工程款问题。
法律背景与建议：
- 挂靠行为的违法性：挂靠行为违反了《建筑法》、《建设工程质量管理条例》等法律法规的禁止性规定，因此挂靠合同或协议在法律上往往是无效的。这意味着挂靠公司不能简单地依据挂靠合同来主张工程款。
- 实际情况的复杂性：尽管挂靠合同无效，但实际情况往往复杂多变。如果实际施工人（即挂靠人）已经完成了工程并经验收合格，根据“事实行为产生法律效力”的原则，实际施工人有权要求支付工程款。此时，挂靠公司可能因工程款流经其账户而涉及其中，但能否主张工程款需根据具体情况判断。
- 综合建议：在处理此类问题时，应综合考虑多种因素，包括合同关系的有效性、实际履行的程度、挂靠协议的约定以及相关法律法规的规定等。由于挂靠行为的复杂性和法律风险，建议在实际操作中寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到有效维护。
可能法律后果：
- 若挂靠公司未经合法授权或违反法律法规规定以自身名义起诉发包方，可能面临法院驳回起诉、承担诉讼费用等不利后果。
- 若挂靠行为被认定为违法，挂靠公司和挂靠人还可能面临行政处罚、民事赔偿等法律责任。
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