结论：农村两幢房子并排，中间排水沟被一户圈堵养鸡的行为，通常是不合法的，您可以通过协商、向村委会或乡镇政府反映、向相关部门投诉或提起诉讼等方式来处理。

分析说明：

1. 合法性分析：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。排水沟作为两户房屋之间的公共设施，其使用应当遵循这一原则，不得擅自改变其用途或进行圈堵。
   • 圈堵排水沟养鸡可能影响排水功能，进而对另一户的房屋安全或正常使用造成影响，这违反了相邻关系的处理原则，因此通常是不合法的。

2. 处理方式：

   • 协商：首先，您可以尝试与圈堵排水沟的邻居进行协商，说明其行为的不当之处，并寻求双方都能接受的解决方案，如恢复排水沟的畅通或共同使用等。
   • 向村委会或乡镇政府反映：如果协商无果，您可以向当地的村委会或乡镇政府反映情况，请求他们介入调解或处理。这些机构通常具有调解邻里纠纷的职责和经验。
   • 向相关部门投诉：如果上述方式均未能解决问题，您还可以向当地的国土资源部门、城乡规划部门或环保部门等相关部门投诉，请求他们依法处理。
   • 提起诉讼：在极端情况下，如果邻居的行为严重侵犯了您的合法权益，且其他方式均无法解决问题，您可以考虑向人民法院提起诉讼，要求邻居停止侵害、恢复原状或赔偿损失等。

行动建议：

• 在处理此类问题时，建议您保持冷静和理性，避免与邻居发生不必要的冲突和争执。
• 在协商或投诉过程中，注意收集和保留相关证据，如照片、视频、证人证言等，以便在需要时证明自己的主张。
• 如果您对法律程序不熟悉或担心自己的权益无法得到有效保障，可以寻求专业律师的帮助，他们可以提供更具体和专业的法律建议和支持。

后续思考：

• 在处理完此次纠纷后，建议您与邻居加强沟通和交流，建立良好的邻里关系，以避免类似问题的再次发生。
• 同时，您也可以关注当地的法律法规和政策动态，了解自己的权益和义务，以便在遇到类似问题时能够更好地维护自己的合法权益。

如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。