包工头按合同超支工资是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
如果合同内容合法且双方自愿：
- 在这种情况下，包工头按照合同约定支付工资，即使超出了通常的工资标准，也是合法的。因为合同是双方自愿达成的协议，只要内容不违反法律法规的强制性规定，就应当受到法律的保护。例如，如果合同中明确约定了因工作特殊性（如加班、危险作业等）需要支付更高的工资，且这一约定不违反相关劳动法规，那么包工头按合同支付超支工资就是合法的。
如果合同内容违法或存在欺诈、胁迫等情形：
- 如果合同中的工资条款违反了法律法规的强制性规定（如低于最低工资标准），或者合同是在欺诈、胁迫等情形下签订的，那么这样的合同是无效的或可撤销的。在这种情况下，包工头按照违法或无效的合同支付工资，即使超出了通常标准，也可能因为合同本身的违法性而面临法律风险。例如，如果合同中约定的工资远低于当地最低工资标准，那么这一条款是无效的，包工头不能以此为依据支付工资。
从劳动法规的角度来看：
- 劳动法规对工资支付有明确的规定，包括最低工资标准、加班工资计算等。如果包工头支付的工资虽然超出了合同约定的标准，但违反了劳动法规的相关规定（如未支付加班工资、未达到最低工资标准等），那么这种行为仍然是违法的。不过，这种情况下的“超支”并非真正意义上的超支，而是因为未遵守劳动法规而导致的工资支付不足或违规。
法律建议：
- 对于包工头而言，在签订劳动合同时，应当确保合同内容合法合规，明确工资支付标准、支付方式等关键条款，避免因为合同问题而引发法律纠纷。
- 对于劳动者而言，在签订劳动合同时，应当仔细阅读合同条款，了解自己的权益和义务。如果发现合同中的工资条款违法或不合理，应当及时提出异议并寻求法律帮助。
- 如果双方因为工资支付问题发生纠纷，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径解决。在处理纠纷时，应当依据相关法律法规和合同约定进行判断和处理。
可能后果：
- 如果包工头因合同违法或未遵守劳动法规而支付工资，可能面临劳动行政部门的处罚、劳动者的索赔等法律后果。
- 如果劳动者因合同问题或工资支付问题而遭受损失，可以通过法律途径维护自己的合法权益。
总之，包工头按合同超支工资是否违法，需要根据合同内容、劳动法规以及双方的具体情况来判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。