公司让员工签署自动离职申请的合法性并非一概而论，而是取决于具体情况。以下是对此问题的全面分析：

合法情形

1. 充分沟通协商且员工自愿

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十六条，用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。如果公司与员工进行了充分的沟通协商，员工在了解相关法律后果的情况下，基于真实意愿签署了自愿离职申请，且申请内容不违反法律法规的强制性规定，那么这种行为是合法有效的。例如，员工因个人职业发展规划主动与公司协商离职，并按照正常流程提交离职申请。

2. 劳动合同中有明确约定

   • 若公司与员工在劳动合同中有明确约定，员工需提前以书面形式提交离职申请，且该约定不违反法律强制性规定，那么公司要求员工签署自动离职申请（在符合约定条件时）是合法的。员工应按照劳动合同中的约定履行离职手续。

不合法情形

1. 公司强迫或变相强迫

   • 如果公司在没有合法依据的情况下，强制要求员工签署自动离职申请，或者通过调岗降薪、增加不合理工作任务等手段逼迫员工离职，以此逃避支付经济补偿等法律责任，这种做法是不合法的。员工有权拒绝，并可以要求公司继续履行劳动合同或给予相应的经济补偿。

2. 公司存在欺诈、胁迫或恶意诱导

   • 公司以欺诈、胁迫手段或者乘人之危，使员工在违背真实意思的情况下签署自愿离职申请，属于可撤销的民事法律行为。员工有权请求人民法院或仲裁机构予以撤销，并可以要求公司承担因此造成的损失。

3. 公司未遵循法定程序

   • 如果公司在要求员工签署自动离职申请时，没有遵循法定的劳动程序，如未提前告知员工相关权利和义务，或者未给予员工合理的考虑时间，也可能导致该要求不合法。员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

员工权益保护建议

1. 了解权利与义务

   • 员工应充分了解自己的劳动权益和公司的义务，包括劳动合同的签订、履行、变更、解除和终止等方面的规定。在面对公司要求签署自动离职申请时，要明确自己的权益和可能面临的法律后果。

2. 收集证据

   • 员工应妥善保存与公司沟通的记录、工作证、工资条等相关证据，以便在权益受损时通过法律途径维护自己的合法权益。如果公司存在强迫、欺诈等行为，这些证据将起到关键作用。

3. 法律途径维权

   • 如果公司要求签署自动离职申请的行为不合法，员工可以通过劳动仲裁、诉讼等法律途径来维护自己的权益。可以要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金、经济补偿等，并恢复劳动关系或确认劳动关系解除的合法性。

举例说明：假设公司因经营困难需要裁员，但不想支付经济补偿，于是通过调岗降薪、增加不合理工作任务等手段逼迫员工签署自动离职申请。这种情况下，员工可以拒绝签署，并收集相关证据向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如果员工被迫签署了离职申请，但能够证明是在公司的强迫或欺诈下签署的，仍然可以请求人民法院或仲裁机构撤销该申请，并要求公司承担相应的法律责任。

综上所述，公司让员工签署自动离职申请的合法性取决于具体情况。员工在面对此类情况时，应了解自己的权益和相关的法律规定，并在必要时采取适当的法律手段来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。