自动离职协议的合法性需根据具体情况判断，若协议内容不违反法律强制性规定且双方自愿签署，则合法有效；反之则可能无效或部分无效。以下从不同角度详细分析：
一、协议内容合法性
不违反法律强制性规定：
- 自动离职协议若涉及员工主动离职、离职时间、工资结算、经济补偿等条款，且这些条款不违反《劳动合同法》等相关法律法规的强制性规定，则协议内容合法。
- 例如，协议中约定员工主动离职后，公司按照法律规定支付经济补偿，这样的条款是合法的。
不得存在欺诈、胁迫等情形：
- 如果自动离职协议是在欺诈、胁迫或乘人之危的情况下签署的，那么该协议可能因违反《民法典》中关于民事法律行为效力的规定而被认定为无效。
- 例如，公司以不支付工资为威胁，迫使员工签署自动离职协议，这样的协议是无效的。
二、双方自愿性
双方真实意思表示：
- 自动离职协议必须基于双方的真实意思表示，即员工和公司都自愿签署该协议，且没有受到任何不当影响。
- 如果员工是在被误导或不了解协议内容的情况下签署的，那么该协议可能因缺乏自愿性而被认定为无效。
协议签署程序合法：
- 协议签署过程应符合公司内部规章制度和法律法规的规定，如需要经过工会或职工代表大会同意等程序（如果公司有相关要求）。
- 如果签署程序不合法，也可能影响协议的效力。
三、可能存在的法律后果
协议有效：
- 如果自动离职协议合法有效，那么双方应按照协议内容履行各自的义务。员工应按照协议约定的时间离职，公司应按照协议约定支付工资和经济补偿等。
协议无效或部分无效：
- 如果自动离职协议存在违法情形或缺乏自愿性，那么该协议可能被认定为无效或部分无效。此时，双方应根据实际情况重新协商或通过法律途径解决争议。
- 例如，如果协议中约定的经济补偿低于法定标准，那么该部分条款可能被认定为无效，公司应按照法定标准支付经济补偿。
四、建议
在签署前仔细阅读协议内容：
- 员工在签署自动离职协议前，应仔细阅读协议内容，确保自己了解并同意协议中的各项条款。
咨询专业律师：
- 如果对协议内容有疑问或不确定其合法性，建议咨询专业律师以获取法律意见。虽然此处我作为律师已经给出了一般性的分析，但具体案件仍需具体分析。
保留相关证据：
- 在签署和履行自动离职协议过程中，员工应保留相关证据，如协议文本、工资单、离职证明等，以备不时之需。
如有任何关于劳动工伤或劳动仲裁方面的法律问题，可以直接向我咨询。