公司以未按流程作业扣罚是否合法，需分情况讨论：
若公司规章制度合法且员工知晓：
- 合法性基础：根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或重大事项时，应当经职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定。同时，用人单位应将规章制度公示或告知劳动者。若公司规章制度符合上述程序，且内容合法合理，员工已知晓并签字确认，那么公司依据规章制度对未按流程作业的员工进行扣罚，在合理范围内是合法的。
- 合理性判断：扣罚的合理性需结合具体情节判断，如扣罚金额是否与员工违规行为的严重程度相当，是否超过员工当月工资的20%（根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%），是否影响员工基本生活等。若扣罚不合理，员工有权提出异议。
若公司规章制度不合法或员工不知晓：
- 不合法情形：若公司规章制度未经过民主程序制定，或未公示、未告知员工，或内容违反法律、行政法规及政策规定，那么该规章制度对员工不具有约束力。公司依据此类规章制度对员工进行扣罚，是违法的。
- 员工权益保护：员工有权拒绝公司的不合法扣罚，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司撤销扣罚决定，恢复原工资待遇，并可能要求公司支付赔偿金。
特殊情况下的扣罚合法性：
- 严重违规情形：若员工未按流程作业的行为构成严重违反公司规章制度，如导致公司重大经济损失、安全事故等，公司有权依据《劳动合同法》第三十九条的规定，解除与员工的劳动合同，且无需支付经济补偿。但在此之前，公司仍需确保规章制度的合法性和合理性，以及员工对规章制度的知晓和确认。
- 扣罚与解除劳动合同的区别：扣罚是公司对员工违规行为的一种经济处罚，而解除劳动合同是公司对员工违规行为的一种最严厉的处罚。公司在行使处罚权时，需根据违规行为的严重程度，选择适当的处罚方式，并确保处罚的合法性和合理性。
建议：
- 公司方面：应确保规章制度的合法性和合理性，经过民主程序制定，并公示或告知员工。在扣罚员工时，需确保扣罚金额与员工违规行为的严重程度相当，且不超过法律规定的限额。
- 员工方面：应了解并遵守公司的规章制度，若对公司扣罚决定有异议，可与公司协商或向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁。在维护自身权益的同时，也需尊重公司的管理权。
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