结论：公司对违章作业进行罚款是否合法，需分情况讨论，主要取决于公司罚款的依据和程序是否符合法律规定。具体分析如下：

1. 公司是否有罚款权
   根据我国《行政处罚法》的规定，罚款属于行政处罚的一种，只有行政机关（如劳动监察部门、安全生产监督管理部门等）才有权对违法行为进行罚款。公司作为用人单位，并不具备行政处罚权，因此无权直接对员工进行罚款。
   但需注意，如果公司规章制度中明确规定了“违章作业”属于严重违反公司纪律的行为，并约定了相应的纪律处分（如警告、记过、降薪、解除劳动合同等），则公司可以依据规章制度对员工进行纪律处分，而非罚款。

2. 公司罚款的合法性例外
   在极少数情况下，如果公司罚款的依据是法律法规的明确授权（如某些特殊行业或岗位的法规允许公司对员工进行经济处罚），且罚款金额和程序符合法律规定，则可能被认定为合法。但这种情况非常罕见，且需严格符合法定条件。

3. 公司罚款的常见情形及合法性分析

   • 情形一：公司直接从工资中扣除罚款
     如果公司以“罚款”名义直接从员工工资中扣除款项，且无法提供合法依据（如员工同意、规章制度规定等），则属于违法行为。根据《工资支付暂行规定》，用人单位不得克扣劳动者工资，除非因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，且用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
     
   • 情形二：公司通过规章制度规定罚款
     即使公司规章制度中规定了“违章作业罚款”，但如果该规章制度未经民主程序制定（如未经过职工代表大会或全体职工讨论）、未公示或告知员工，或者罚款金额过高（如超过员工当月工资的20%），则该规章制度可能被认定为无效，公司依据该制度进行的罚款也可能被认定为违法。
     
   • 情形三：公司以“绩效扣分”等形式变相罚款
     如果公司以“绩效扣分”“奖金扣除”等形式变相对员工进行经济处罚，且无法证明该处罚与员工的绩效或工作表现直接相关，也可能被认定为违法。

4. 员工的维权途径
   如果公司对员工进行违法罚款，员工可以通过以下途径维权：

   • 与公司协商，要求返还罚款；
     
   • 向当地劳动监察部门投诉；
     
   • 申请劳动仲裁，要求确认公司罚款行为违法并返还罚款。

总结：公司对违章作业进行罚款通常不合法，除非有明确的法律法规授权且符合法定条件。公司更应通过合理的规章制度和纪律处分来规范员工行为，而非直接罚款。如果您遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。