关于公司按照规章制度进行罚款是否合法的问题，这确实是一个需要细致分析的问题。首先，我们可以明确一点：在一般情况下，公司直接依据自身规章制度对员工进行罚款是不合法的，但存在一些特定情况下的例外。
一、不合法的情况
缺乏法律依据：
- 罚款通常被视为行政处罚的一种，而根据《中华人民共和国行政处罚法》，只有具有行政处罚权的行政机关才能实施罚款。公司作为非行政机关，并不具备直接罚款的权力。因此，如果公司没有相关法律赋予的罚款权力，其依据自身规章制度进行的罚款行为通常是不合法的。
规章制度制定程序不合法：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》，公司在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，必须经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。如果公司的罚款制度未经此民主程序制定，那么该制度本身就不具有合法性，基于此进行的罚款也是不合法的。
规章制度未公示告知：
- 同样根据《劳动合同法》，公司应将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示或告知劳动者。如果公司仅内部发布罚款制度文件而未通过合适方式让员工知晓，那么公司不能依据该制度对员工进行罚款。
二、可能合法的情况
尽管在一般情况下公司罚款不合法，但存在一些特定情况下的例外：
基于合同约定的赔偿性扣款：
- 如果劳动合同中有明确约定，在员工出现特定违约行为时，公司有权要求员工承担一定的赔偿责任，这种赔偿性质的约定在一定程度上可能被视为合法。但需要注意的是，扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
员工因故意或重大过失给公司造成经济损失：
- 当员工在工作过程中因自身过错（如故意或重大过失）给公司造成实际经济损失时，公司可以要求员工赔偿该损失。例如，员工违反操作规程导致设备损坏，公司可要求员工赔偿设备维修费用等实际损失。但公司需提供充分证据证明损失的存在及与员工行为的因果关系。
三、综合建议
公司应严格遵守法律法规：
- 公司在制定和执行规章制度时，应确保内容合法合理，程序合规，且进行了公示告知。避免滥用罚款权，以维护员工的合法权益和公司的稳健发展。
员工应了解自身权益：
- 员工应了解自己的合法权益，对于不合法的罚款行为，有权向相关部门投诉或寻求法律援助。同时，员工也应遵守公司的规章制度，避免因违规行为而给公司造成损失。
公司可采取合法管理措施：
- 为确保公司正常运营并维护员工纪律，公司可以采取警告制度、解除劳动合同、经济损失赔偿（在合法范围内）、绩效考核与激励以及培训与教育等合法措施来管理员工。
综上所述，公司按照规章制度进行罚款的合法性需根据具体情况判断。在一般情况下，这种罚款行为是不合法的；但在特定情况下，如基于合同约定的赔偿性扣款或员工因故意或重大过失给公司造成经济损失时，可能被视为合法。公司应严格遵守相关法律法规，采取合法且合理的方式来管理员工。