公司依据制度罚款是否违法，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 公司无权直接罚款，但可依法追偿经济损失
   根据我国《劳动法》《劳动合同法》等规定，企业并非行政机关，不具备行政处罚权，因此无权在规章制度中自行设定罚款条款。若员工因故意或重大过失造成公司损失，公司可依据《工资支付暂行规定》第十六条要求赔偿，但需满足以下条件：
   
   • 事实清晰：需证明损失由员工行为直接导致（如监控录像、工作记录等）；
     
   • 证据充分：需提供损失金额的计算依据（如维修发票、合同违约金条款等）；
     
   • 程序合规：赔偿金额每月扣除不得超过员工工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
     

示例：若员工因操作失误导致设备损坏，公司可要求其赔偿维修费用，但若直接从工资中扣除50%作为“罚款”，则属于违法。

1. 违法罚款的典型情形及法律后果
   
   • 克扣工资型罚款：直接从工资中扣除“罚款”导致收入低于最低工资标准，违反《劳动法》第九十一条，劳动行政部门可责令补发工资并加付赔偿金。
     
   • 变相惩罚型扣款：以“乐捐”“负激励”等名义强制收取费用，可能被认定为无效民事行为，相关款项需返还。
     
   • 超范围处罚：对迟到、早退等非过错行为罚款，违反《劳动合同法》中关于规章制度合法性的要求，可能被认定为无效。
     

案例参考：某公司因员工迟到每次罚款50元，后被劳动仲裁委员会裁定罚款无效，公司需返还已扣款项。

1. 企业合规操作建议
   
   • 制度设计：
     
     • 明确违规行为分类分级（如轻微、一般、严重），对应警告、调岗、解除合同等措施，而非直接罚款；
       
     • 建立标准化流程：调查取证→听证申辩→书面决定→送达告知，确保程序正当。
       
   • 执行要点：
     
     • 固定证据：采用多维度证据（如邮件、签字文件）证明损失事实与因果关系；
       
     • 遵循比例原则：赔偿金额不得超过实际损失，避免过度追责。
       
   • 特殊场景处理：
     
     • 安全生产领域：可依据《安全生产法》对违章作业人员停工培训；
       
     • 服务行业：通过服务评价机制影响绩效收入，而非直接罚款。
       

总结：公司若直接依据制度罚款，大概率违法；但若通过合法程序追偿经济损失，或采用非惩戒性管理措施（如绩效考核、培训），则符合法律规定。建议企业审查现有制度，避免法律风险。如有具体案例或进一步疑问，可直接向我咨询。