结论：公司以违反纪律为由对员工罚款是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 法律层面：公司无权直接罚款
   根据《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》，用人单位并非行政执法机关，无权对员工实施经济处罚（如罚款）。员工的工资属于劳动报酬，公司不得随意克扣。若公司以“违反纪律”为由直接扣减工资，可能涉嫌违法。

2. 例外情形：规章制度合法且经民主程序
   若公司通过民主程序（如职工代表大会讨论）制定了合法有效的规章制度，且明确规定某些违纪行为可能导致“绩效扣分”“奖金扣除”等间接经济影响（而非直接罚款），则可能被认定为合法。但需满足以下条件：

   • 规章制度内容不违反法律强制性规定；
     
   • 制度已向员工公示或告知；
     
   • 处罚措施与违纪行为程度相当（如轻微迟到扣绩效，而非固定金额罚款）。

3. 实践中的常见违法情形

   • 公司直接以“罚款”名义扣减工资，且未在规章制度中明确依据；
     
   • 罚款金额过高（如超过月工资的20%），或与违纪行为无关；
     
   • 未履行告知义务（如未让员工签字确认规章制度）。

4. 员工维权路径
   若公司违法罚款，员工可通过以下方式维权：

   • 向劳动监察部门投诉（要求公司返还罚款）；
     
   • 申请劳动仲裁（主张克扣工资赔偿）；
     
   • 保留证据（如工资条、罚款通知、规章制度等）。

建议：若您遇到公司违法罚款，可进一步提供具体细节（如罚款金额、制度依据等），我将为您分析维权方案。