针对您提出的“企业对施工单位违规作业罚款合法吗”这一问题，我们可以从法律角度和合同约定两个层面进行深入分析。
一、法律角度分析
首先，我们需要明确的是，罚款在行政法领域属于行政处罚措施。根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，此类处罚应由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施。建设单位，作为工程的发包方，并不具备行政执法部门的职能，因此从法律层面讲，它无权对施工单位进行行政法意义上的“罚款”。
二、合同约定角度分析
然而，在建设工程合同中，双方可以约定违约条款，以规范施工单位的行为并明确违约责任。这是合同法赋予合同双方的权利。
合法有效的违约条款：
- 如果合同中明确约定了施工单位在违规作业时应承担的违约责任，比如支付一定数额的违约金，并且这种约定是合理、不违反法律法规的强制性规定的，那么建设单位有权要求施工单位按照合同约定承担违约责任。但需要注意的是，这种责任承担方式并非行政法意义上的“罚款”，而是合同法意义上的违约责任。
无效的违约条款：
- 如果合同中约定的“罚款”条款存在以下问题，则可能被认定为无效：一是本质并非对违约行为的合理补偿，而是建设单位利用优势地位设定的高额“罚款”；二是“罚款”金额与施工单位的违约行为造成的实际损失严重不符；三是条款排除了施工单位的主要权利或加重了其责任。
三、综合建议
合同签订前：
- 建设单位和施工单位在签订合同时，应明确约定违约条款，确保条款内容合法、合理，且符合相关法律法规的要求。这样可以在发生争议时，有明确的合同依据进行解决。
合同履行中：
- 如发生施工单位违规作业等违约行为，建设单位应依据合同中的违约条款来追究施工单位的责任，而不是随意进行罚款。这既符合合同法的规定，也有助于维护双方的合法权益。
争议解决：
- 若因违约条款产生争议，双方应首先通过协商解决；协商不成时，可依法申请仲裁或提起诉讼。通过法律途径解决争议，可以确保双方的权益得到公正、合理的维护。
综上所述，企业对施工单位违规作业进行罚款的合法性主要取决于双方合同中的约定以及相关法律法规的规定。在实际操作中，企业应严格遵守法律规定，确保合同条款的合法性和有效性，以维护双方的合法权益。