企业对企业罚款的合法性，需明确的是，通常我们讨论的是公司对员工罚款的合法性，因为企业间一般不存在直接的罚款行为，而是通过合同、法律途径解决纠纷。不过，若将问题理解为公司在内部管理中对员工罚款的合法性，我可以给出以下详细分析：
公司对员工罚款的一般不合法性
- 法律依据缺失：根据我国《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。罚款本质上属于克扣工资的行为，公司在没有法律明确授权的情况下，无权对员工进行罚款。因此，从法律层面来看，公司直接对员工罚款是缺乏依据的。
- 公司非执法机关：罚款作为一种行政处罚措施，其实施主体只能是具有相应执法权的行政机关。公司作为企业法人，并不具备行政执法权，因此无权对员工进行罚款。
- 员工财产权保护：劳动者的财产权受法律保护，任何单位或个人都不得非法侵犯。在没有明确法律依据或合同约定的情况下，公司对员工进行罚款将构成对劳动者财产权的侵害。
特殊情况下公司对员工“罚款”的合理性与合法性
- 基于法定或约定的赔偿责任：若员工因故意或重大过失给公司造成损失，且劳动合同或规章制度中有明确规定，公司可要求员工承担相应赔偿责任。此时，从工资中扣除部分金额作为赔偿是合法的，但这并非传统意义上的“罚款”，而是基于合同或规章制度的民事责任承担。例如，员工因违规操作导致设备损坏，公司依据劳动合同中的赔偿条款，从其工资中扣除相应维修费用。
- 符合法律规定的扣款条件：扣款必须基于员工的过错行为，且该行为给公司造成了实际损失。扣款金额应合理，不得超出员工应承担的责任范围，且每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。同时，扣款前需告知员工扣款原因及金额，并保留相关证据。
公司管理员工的合法替代措施
- 制定完善的规章制度：公司可以制定合法合理的规章制度来规范员工行为，明确员工的行为规范和违规处理措施。这些规章制度应经过民主程序制定，内容不违反法律法规的强制性规定，并已向员工公示或告知。
- 采取纪律处分措施：对于违反规定的员工，公司可以进行警告、记过、降级、撤职等纪律处分，而非直接罚款。
- 依法解除劳动合同：在员工严重违反公司规章制度或造成重大损失的情况下，公司可以依法解除劳动合同。
- 提升员工合规意识：通过员工培训和教育提升员工的合规意识和职业素养，减少违规行为的发生。
举例说明：
- 合法情形：某公司员工因疏忽大意导致公司货物丢失，造成经济损失。公司依据劳动合同中的赔偿条款，从该员工工资中扣除了一定比例的金额作为赔偿。由于该扣款行为基于员工的过错行为和合同约定，且扣款金额合理，因此是合法的。
- 非法情形：某公司规定员工迟到一次罚款50元，且该规定未经民主程序制定，也未向员工公示或告知。由于该罚款行为缺乏法律依据和合理程序，因此是非法的。员工有权拒绝支付该罚款，并向劳动仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼维护自己的合法权益。
总结与建议：
公司对员工罚款在一般情况下是不合法的，但在特定条件下（如员工因个人原因给公司造成经济损失且劳动合同中有相关约定时）可能具有合理性和合法性。为了避免法律风险，公司应通过制定合法合理的规章制度和劳动合同约定来规范员工行为，并采取合法的替代措施来管理员工。若员工对公司罚款行为有异议，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。