该问题属于劳动仲裁范畴，但特定情况下也可能涉及民事诉讼，需分情况讨论：
若争议焦点为“社保津贴是否应返还”且基于劳动关系
公司补缴社保后要求员工返还已发放的社保津贴，本质是因劳动关系产生的权益争议（如津贴性质是否属于工资组成部分、公司是否通过津贴形式规避社保缴纳义务等）。根据《劳动争议调解仲裁法》第二条，此类争议属于劳动仲裁受案范围，应优先申请劳动仲裁。
关键点：若津贴发放与劳动合同、工资结构、社保缴纳义务直接相关，仲裁机构会审查双方劳动关系项下的权利义务，例如津贴是否属于“以补贴形式替代社保”的违法安排。
若争议涉及“津贴返还的民事合同关系”
若公司与员工曾单独签订协议（如《社保津贴发放协议》），明确约定“公司发放津贴后，员工需自行缴纳社保，若公司补缴则员工需返还津贴”，且该协议不违反法律强制性规定（如未规避社保缴纳义务），则公司可依据《民法典》合同编，以“不当得利返还”或“违约责任”为由提起民事诉讼。
关键点：需满足两个条件：①协议独立于劳动合同；②协议内容合法（如津贴金额未低于最低工资标准，未损害员工社保权益）。
实务中的常见处理路径
司法实践中，劳动仲裁机构通常会先行处理此类争议，即使涉及协议问题，也会以“劳动关系为基础”审查协议效力（例如认定“以津贴替代社保”的协议无效）。仅在仲裁裁决后，若一方对“协议效力认定”或“返还金额计算”不服，才可能进入民事诉讼程序。
建议：公司应优先申请劳动仲裁，并在仲裁中提交津贴发放记录、社保补缴凭证、劳动合同等证据；若仲裁驳回返还请求，再考虑是否以民事诉讼主张权利。
总结：优先通过劳动仲裁解决，但需根据津贴发放的法律依据（劳动关系或民事协议）准备不同证据；若仲裁未支持，再评估是否启动民事诉讼。如有具体协议或工资结构细节，可进一步向我咨询，我会结合证据分析胜诉率。