针对您提出的问题，即公司补缴了员工个人部分社保而员工不归还时，公司应选择仲裁还是起诉，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，社会保险缴费是用人单位和劳动者共同的法律义务。根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国社会保险法》的规定，用人单位必须依法为劳动者办理社会保险登记并按时足额缴纳社会保险费，而劳动者也有义务承担自己应缴的部分。

当公司补缴了员工个人部分的社保后，如果员工拒绝归还这部分费用，公司实际上是在行使一种追偿权。这种追偿权是基于公司已经代为履行了员工应承担的法律义务而产生的。

接下来，我们分析仲裁和起诉两种途径的适用性：

1. 仲裁：

   • 仲裁通常适用于劳动争议案件，如工资、福利、解除劳动合同等。
   • 但在此情况下，如果仲裁委员会认为该争议不属于劳动争议受案范围（如某些地区可能认为社保费用的追偿不属于典型的劳动争议），则可能会不予受理。
   • 从您提供的参考信息中，我们可以看到某公司曾就此事申请劳动仲裁，但仲裁委员会以不属于劳动争议受案范围为由不予受理。

2. 起诉：

   • 当仲裁途径不可行或未得到满意解决时，公司可以选择向法院提起诉讼。
   • 法院将依据相关法律法规和事实情况，对案件进行审理并作出判决。
   • 从您提供的参考信息中，我们可以看到某公司在仲裁未果后，选择了向法院起诉，并最终获得了法院的支持。

结论：

• 在公司补缴了员工个人部分社保而员工不归还的情况下，如果仲裁委员会认为该争议不属于劳动争议受案范围或仲裁未得到满意解决，公司应选择向法院提起诉讼。
• 法院将依据相关法律法规和事实情况，对案件进行审理，并可能判决员工归还公司垫付的社保个人部分费用。

建议：

• 公司在处理此类问题时，应首先尝试与员工进行协商，看是否能够达成和解。
• 如果协商无果，且仲裁途径不可行或未得到满意解决，公司应及时向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
• 同时，公司也应加强内部管理，确保按时足额为员工缴纳社会保险费，避免类似纠纷的发生。