结论：公司加班费在符合支付标准的基础上自行设立系数是否违法，需根据具体情况判断。若该系数导致加班费低于法定标准，则违法；若该系数仅作为内部管理或激励手段，且最终支付的加班费不低于法定标准，则可能不违法。
分析：
法定加班费支付标准：
- 根据《劳动法》及相关规定，加班费通常按照不低于劳动者正常工作时间工资的150%、200%或300%支付，具体取决于加班的时间（工作日、休息日或法定节假日）。
- 这是加班费的法定最低标准，公司必须遵守。
自行设立系数的合法性：
- 违法情况：如果公司设立的系数导致实际支付的加班费低于法定标准，那么这种做法就是违法的。例如，如果法定加班费应为正常工资的200%，但公司通过设立系数将其降低至150%或更低，这就违反了法律规定。
- 可能合法情况：如果公司设立的系数仅作为内部管理或激励手段，且最终支付的加班费不低于法定标准，那么这种做法可能不违法。例如，公司可能根据员工的工作表现、加班时长或岗位重要性等因素设立不同的系数，但确保每个员工最终获得的加班费都至少达到法定标准。
实际操作中的注意事项：
- 公司应确保加班费计算方式的透明性和公平性，避免因系数设置不当而引发劳动纠纷。
- 公司在制定加班费政策时，应充分考虑员工的合法权益和劳动法的规定，确保政策既符合公司利益，又不违反法律法规。
建议：
- 对于公司：在设立加班费系数时，应仔细研究相关法律法规，确保系数设置不会导致加班费低于法定标准。同时，应建立透明的加班费计算机制，确保员工对加班费的计算方式有清晰的了解。
- 对于员工：如果发现公司设立的加班费系数导致实际支付的加班费低于法定标准，可以向公司提出异议或向劳动监察部门投诉。在维护自身权益时，应保留好相关证据，如加班记录、工资单等。
可能法律后果：
- 如果公司违反加班费支付规定，可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
- 员工也有权通过法律途径维护自己的合法权益，如提起劳动仲裁或诉讼等。
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