结论：学校因教师未参加科组活动而扣绩效是否合法，需根据具体情况判断，主要看学校规章制度是否合法合理以及是否经过民主程序制定并公示。
分析说明：
学校规章制度合法性：
- 学校作为用人单位，有权制定内部规章制度来管理教职工，但这些规章制度必须符合法律法规的规定，不能侵犯教职工的合法权益。
- 如果学校的规章制度中明确规定了未参加科组活动将扣除绩效，且该规定不违反法律法规的强制性规定，同时该规章制度已经过民主程序制定并公示，那么学校依据此规定扣除绩效可能是合法的。
民主程序与公示：
- 民主程序通常指的是规章制度的制定过程中，应当征求教职工的意见，或者经过教职工代表大会等民主形式的讨论和通过。
- 公示则是指规章制度制定完成后，应当以适当的方式向全体教职工公布，确保教职工知晓并了解规章制度的内容。
- 如果学校的规章制度未经民主程序制定或未公示，那么该规章制度可能对教职工不产生约束力，学校依据此规定扣除绩效则可能不合法。
绩效扣除的合理性：
- 即使学校的规章制度合法且经过民主程序制定并公示，但扣除绩效的幅度和方式也应当合理。
- 如果扣除的绩效过多，或者扣除方式不合理（如仅因一次未参加活动就扣除全部绩效），那么这种扣除可能被视为不合理，教职工有权提出异议。
行动建议：
- 核实规章制度：首先，您需要核实学校的规章制度中是否有关于未参加科组活动扣除绩效的规定，以及该规定是否经过民主程序制定并公示。
- 评估合理性：其次，您需要评估该规定的合理性，包括扣除的幅度和方式是否合理。
- 沟通协商：如果您认为学校的扣除行为不合法或不合理，您可以先与学校进行沟通协商，表达您的观点和诉求。
- 寻求法律援助：如果沟通协商无果，您可以向当地的教育行政部门或劳动争议调解仲裁机构寻求法律援助或申请调解仲裁。
后续法律后果：
- 如果学校的扣除行为被认定为不合法或不合理，学校可能需要返还扣除的绩效，并可能面临其他法律责任。
- 如果您因学校的扣除行为而遭受了其他损失（如精神损害等），您还可以根据实际情况要求学校进行赔偿。
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