结论前置：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，若单位在元旦期间安排员工加班，且该单位原本实行六日只休息一天的制度，元旦加班费的计算方式需分情况讨论，具体如下：
元旦当天（法定节假日）加班：
- 元旦作为法定节假日，若单位安排员工在这一天加班，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这是基于《劳动法》第四十四条第三款的规定，即“法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬”。
元旦假期其他天（如调休日或周末）加班：
- 若元旦假期中包含调休日或原本的周末休息日，且单位安排员工在这些天加班，那么加班费的支付标准将依据《劳动法》第四十四条第二款，即“休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬”。但这里有一个前提，即单位不能安排补休。如果单位能够安排补休，则无需支付加班费。
- 特别需要注意的是，由于您提到单位原本实行六日只休息一天的制度，这意味着员工每周有一个固定的休息日。如果元旦假期中的某一天恰好是员工的这个固定休息日，且单位安排加班，那么同样应适用上述关于休息日加班的规定。
额外说明：
- 加班费的计算基数通常是员工的基本工资，但具体计算方式可能因地区、单位政策或劳动合同的具体条款而有所不同。因此，在实际操作中，建议员工先查阅自己的劳动合同或单位的相关规定，以确定加班费的计算基数。
- 如果单位未按照法律规定支付加班费，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
建议：
- 作为员工，应保留好加班的相关证据，如加班通知、考勤记录等，以便在需要时证明自己的加班事实。
- 如果对加班费的支付有疑问或争议，建议及时与单位沟通协商，或寻求法律援助以维护自己的权益。
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