结论：收取工程保证金后，工程未施工但甲方陆续退款，这一行为是否构成诈骗，需根据具体情况综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、诈骗罪的构成要件
诈骗罪是指以非法占有为目的，用虚构事实或者隐瞒真相的方法，骗取数额较大的公私财物的行为。其构成要件包括：
- 主观方面：具有非法占有的目的。
- 客观方面：实施了虚构事实或隐瞒真相的行为，使被害人产生错误认识，并基于错误认识处分财产，行为人因此取得财产。
二、具体情形分析
甲方无非法占有目的，且积极退款
- 情形描述：若甲方在收取保证金时，虽因各种原因（如合同条款不明确、双方沟通不畅等）导致工程未能施工，但甲方并无非法占有保证金的目的，且在发现工程无法施工后，积极与乙方协商，并陆续退还保证金。
- 法律分析：在此情形下，甲方不满足诈骗罪的主观构成要件，即无非法占有目的。同时，甲方也未实施虚构事实或隐瞒真相的行为，或虽实施了此类行为但并未导致乙方产生错误认识并处分财产。因此，甲方的行为不构成诈骗罪。
甲方有非法占有目的，但退款行为存在
- 情形描述：若甲方在收取保证金时，就具有非法占有的目的，如虚构工程事实、伪造合同等，以骗取乙方的保证金。但在工程未能施工后，因担心被追究法律责任或其他原因，甲方开始陆续退还部分或全部保证金。
- 法律分析：在此情形下，甲方虽在事后有退款行为，但其收取保证金时的主观目的和客观行为已满足诈骗罪的构成要件。退款行为可能作为量刑时的考虑因素，但不影响诈骗罪的成立。然而，若甲方在退款后，乙方对其行为表示谅解，且退款金额较大，可能在一定程度上减轻甲方的刑事责任。
甲方有非法占有目的，且未退款或未完全退款
- 情形描述：若甲方在收取保证金时，就具有非法占有的目的，且在工程未能施工后，拒绝退还保证金或仅退还部分保证金。
- 法律分析：在此情形下，甲方的行为完全符合诈骗罪的构成要件。乙方有权向公安机关报案，要求追究甲方的刑事责任，并可通过民事诉讼途径要求甲方退还剩余保证金及赔偿损失。
三、法律建议
对于乙方：
- 在签订工程合同时，应仔细审查合同条款，确保合同内容明确、合法。
- 在支付保证金前，应充分了解甲方的信誉和资质，避免与无信誉或资质的甲方合作。
- 若发现甲方有诈骗嫌疑或工程无法施工，应及时与甲方协商退款事宜，并保留相关证据（如合同、转账记录、聊天记录等）。
- 若协商无果，可向公安机关报案或向法院提起民事诉讼。
对于甲方：
- 应遵守法律法规和合同约定，不得虚构事实或隐瞒真相以骗取保证金。
- 若因故无法施工，应及时与乙方协商退款事宜，并积极履行退款义务。
- 若涉嫌诈骗被追究刑事责任，应积极配合调查，如实供述事实，争取从轻或减轻处罚。
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