结论：乙方在原签订的分包合同公司已作废的情况下，私自留下合同并在完工后起诉，这一行为是否合理，需根据具体情况来判断，但通常来说，若合同已作废，乙方仅凭该作废合同起诉，其主张可能难以得到法律支持。
分析如下：
合同作废的法律后果：
- 合同作废，即合同被宣告无效或被撤销，自始不具有法律效力。这意味着，合同中的权利义务关系不再存在，双方不再受该合同的约束。
- 若原分包合同已被公司作废，那么该合同在法律上就不再具有效力，乙方不能依据该作废合同来主张任何权利。
乙方私自留下合同的行为：
- 乙方私自留下作废的合同，并不改变合同作废的事实。留下合同本身并不构成乙方主张权利的依据，除非乙方能证明该合同在作废前存在某些未履行的义务或争议，且这些义务或争议在合同作废后仍然有效。
- 然而，在大多数情况下，合同作废意味着双方的权利义务关系已经终结，乙方仅凭留下作废的合同，难以证明其主张的合理性。
完工后起诉的合理性：
- 乙方在完工后起诉，需要基于有效的合同或法律关系来主张其权利。若合同已作废，且乙方无法提供其他有效的证据来支持其主张，那么其起诉可能缺乏法律依据。
- 法院在审理此类案件时，会首先审查合同的效力。若合同已被作废，法院通常不会依据该合同来判决双方的权利义务。
可能的例外情况：
- 如果乙方能够证明，在合同作废前，双方已经就某些事项达成了口头协议或补充协议，且这些协议在合同作废后仍然有效，那么乙方可能基于这些协议来主张其权利。
- 另外，如果合同作废是由于一方的违约行为导致的，且该违约行为给乙方造成了损失，乙方可能依据相关法律规定来主张赔偿。
建议：
- 对于乙方而言，如果认为自己在合同作废后仍然享有某些权利或利益，应当积极收集相关证据，如口头协议、补充协议、损失证明等，以支持其主张。
- 对于公司而言，如果认为乙方的起诉缺乏法律依据，应当积极应诉，并提供合同作废的证据以及相关法律法规来支持自己的抗辩。
- 在任何情况下，双方都应当保持冷静和理性，通过合法途径来解决争议，避免采取过激行为或非法手段来维护自己的权益。
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