核心结论：员工驾驶公司车辆发生事故后公司要求垫付，员工是否需垫付及后续处理需分情况讨论，具体如下：
若事故责任在员工且公司规章制度有明确规定
根据《民法典》第1165条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应承担侵权责任。若员工因故意或重大过失导致事故（如酒驾、超速等），且公司规章制度明确规定员工需承担部分或全部赔偿责任，则员工可能需按制度垫付。但需注意：
- 制度合法性审查：公司规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示，否则可能因程序违法而无效（《劳动合同法》第4条）。
- 赔偿范围限制：员工仅需赔偿实际损失中与其过错对应的部分，公司不得要求员工承担全部损失（如车辆折旧费、商业险免赔部分等），除非员工存在重大过失或故意。
- 垫付后追偿：若员工已垫付，可要求公司出具书面说明，明确垫付性质（如借款或预支赔偿款），避免后续纠纷。
若事故责任不在员工或公司无明确规定
- 非员工责任时：若事故由第三方造成或不可抗力导致，员工无过错，则无需垫付。公司应通过车辆保险（交强险、商业险）向第三方或保险公司索赔（《民法典》第1213条）。
- 公司无规定时：若公司规章制度未明确员工需垫付，员工有权拒绝。公司强行要求垫付可能构成克扣工资或变相罚款，员工可依据《劳动合同法》第38条主张被迫解除劳动合同并要求经济补偿。
实务建议
- 保留证据：员工应保存事故认定书、公司规章制度、垫付凭证（如转账记录、收据）等证据，以备后续维权。
- 协商沟通：优先与公司协商，明确垫付性质及后续处理方式（如是否从工资扣除、是否需签订书面协议）。
- 法律途径：若协商无果，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张公司返还垫付款或赔偿损失。
总结：员工是否需垫付需结合事故责任、公司制度合法性及双方约定综合判断。建议员工在垫付前要求公司出具书面说明，并保留相关证据，必要时通过法律途径维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。