在申请劳动仲裁时，如果公司交接不清楚，你可以按照以下步骤来处理：
收集并整理证据：
- 工作交接记录：尽可能收集与工作交接相关的所有文件、邮件、聊天记录等，这些记录能够证明交接过程中存在的问题，比如交接不清、遗漏重要事项等。
- 证人证言：如果有同事或上级目睹了交接过程，他们的证言也是非常重要的证据。
- 其他相关证据：如工作成果、项目文件、客户反馈等，这些也能间接证明交接不清对你工作造成的影响。
明确仲裁请求：
- 在申请劳动仲裁时，你需要明确自己的仲裁请求，比如要求公司继续履行交接义务、赔偿因交接不清造成的损失等。
- 确保你的请求具体、明确，并且有相应的证据支持。
提交仲裁申请：
- 准备好仲裁申请书，详细陈述事实与理由，并附上所有收集到的证据。
- 提交仲裁申请时，确保所有文件都是完整、清晰的，以便仲裁机构能够顺利受理并审理你的案件。
参与仲裁过程：
- 在仲裁过程中，积极配合仲裁机构的工作，按时参加庭审，如实陈述事实，提供证据。
- 如果公司提出反驳或抗辩，你需要有针对性地进行回应，维护自己的合法权益。
考虑后续措施：
- 如果仲裁结果不满意，你可以在法定期限内向人民法院提起诉讼，寻求进一步的法律救济。
- 同时，你也可以与公司进行协商，尝试通过和解的方式解决纠纷，这通常能够更快地解决问题，减少双方的时间和成本投入。
法律背景与建议：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动者与用人单位之间因劳动权益发生争议的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在仲裁过程中，双方都有义务提供证据证明自己的主张。
- 如果公司交接不清导致你遭受了损失，你有权要求公司进行赔偿。这包括但不限于因交接不清导致的工资损失、奖金损失、项目损失等。
- 在处理此类纠纷时，建议你保持冷静、理性，通过合法途径维护自己的权益。同时，也可以寻求专业律师的帮助，以便更好地了解自己的法律地位和权益，制定更有效的维权策略。
可能法律后果：
- 如果仲裁机构认定公司确实存在交接不清的情况，并且给你造成了损失，那么公司可能需要承担相应的赔偿责任。
- 如果公司拒绝履行仲裁裁决或法院判决，你还可以向人民法院申请强制执行，以维护自己的合法权益。
如果你在处理此类纠纷时遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。