核心结论：员工与中介签订劳动合同未做满三个月的处理方式，需根据劳动合同的具体约定、未做满的原因以及相关法律法规综合判断，以下分情况说明：
劳动合同中有明确约定未做满期限的处理方式
- 若合同约定了违约金：根据《劳动合同法》第二十二条和第二十三条的规定，只有在两种情况下用人单位可以与劳动者约定违约金：一是用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训并约定了服务期，劳动者违反服务期约定的；二是劳动者违反竞业限制约定的。如果中介与员工签订的劳动合同中约定的违约金不属于上述两种情形，那么该违约金条款可能因违反法律强制性规定而无效，员工无需支付。但如果属于上述情形，员工未做满三个月违反约定，可能需要按照合同约定支付违约金，不过违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用或者竞业限制经济补偿的数额，且用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
- 若合同约定了其他处理方式：例如扣除部分工资、福利等。如果这些约定不违反法律法规的强制性规定，且是双方真实意思表示，那么员工可能需要按照合同约定接受相应的处理。但如果约定违反了法律，如克扣工资超过法定限度等，员工有权拒绝并可以通过法律途径维护自己的合法权益。
劳动合同中未明确约定未做满期限的处理方式
- 员工主动离职：如果员工是因个人原因主动提出离职，且未做满三个月，一般情况下，员工只需按照正常流程办理离职手续即可。根据《劳动合同法》第三十七条规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。员工应按照此规定提前通知中介（如果处于试用期则提前三日，非试用期则提前三十日），并做好工作交接等事宜。
- 中介原因导致员工离职：如果是中介存在违法行为，如未按照劳动合同约定提供劳动条件、未及时足额支付劳动报酬等，导致员工被迫离职，根据《劳动合同法》第三十八条和第四十六条的规定，员工不仅可以立即解除劳动合同，还有权要求中介支付经济补偿。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
特殊情况：劳务派遣关系
- 如果员工是与劳务派遣单位（中介）签订劳动合同，被派遣至用工单位工作，那么在处理未做满三个月的问题时，除了要考虑与劳务派遣单位的劳动合同约定外，还要考虑劳务派遣的相关规定。例如，根据《劳务派遣暂行规定》等相关法律法规，劳务派遣单位应当与被派遣劳动者订立二年以上的固定期限劳动合同，按月支付劳动报酬；被派遣劳动者在无工作期间，劳务派遣单位应当按照所在地人民政府规定的最低工资标准，向其按月支付报酬。如果员工未做满三个月是因为用工单位的原因，如用工单位生产经营发生严重困难等，劳务派遣单位在处理与员工的劳动关系时，应遵循相关法律法规的规定，保障员工的合法权益。
建议：员工在遇到此类问题时，首先应仔细查看与中介签订的劳动合同，了解其中关于未做满期限的约定；其次，收集相关证据，如工资条、工作记录、与中介或用工单位的沟通记录等，以备不时之需；最后，如果与中介无法协商解决，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。