针对“员工预支跑路怎么赔偿”这一问题，核心要点在于明确员工预支款项后未归还且擅自离职的赔偿处理方式。推测用户的真实意图可能是想了解在此情况下，公司如何追回损失以及员工需承担的法律责任。核心前提是员工与公司之间存在劳动关系，且员工预支了公司款项后未归还即离职。
公司角度的追偿：
- 合同与规章制度：首先，公司应检查与员工签订的劳动合同以及内部规章制度中是否有关于预支款项、离职手续及赔偿的相关规定。若合同或规章制度中有明确条款，公司可依据这些条款要求员工归还预支款项或承担相应赔偿责任。
- 协商与调解：若合同或规章制度中未明确规定，公司可尝试与员工进行协商，寻求双方都能接受的解决方案，如分期还款、扣除部分工资等。若协商无果，公司可寻求第三方调解机构的帮助，如劳动争议调解委员会。
- 法律途径：若协商和调解均无法解决问题，公司可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求员工归还预支款项并承担因此造成的损失。若仲裁结果仍无法执行，公司可向人民法院提起诉讼，通过法律手段追回损失。
员工角度的责任：
- 民事责任：员工预支款项后未归还，构成不当得利，应承担民事责任，即归还预支款项。若因员工跑路给公司造成其他损失，如招聘新员工的费用、项目延误的损失等，员工也可能需承担相应的赔偿责任。
- 劳动纪律与职业道德：员工擅自离职且未归还预支款项，违反了劳动纪律和职业道德，可能面临公司的纪律处分（尽管已离职，但此行为可能影响其未来职业声誉）。同时，若员工的行为构成犯罪（如诈骗），还可能面临刑事责任。
实际操作建议：
- 完善合同与规章制度：公司应完善劳动合同和内部规章制度，明确预支款项的条件、金额、还款方式及离职时的处理办法，以减少类似纠纷的发生。
- 加强财务管理：公司应加强对预支款项的管理，确保每笔预支都有明确的用途和还款计划，并定期进行财务审计，及时发现并处理问题。
- 及时采取措施：一旦发现员工预支跑路的情况，公司应立即采取措施，如与员工联系、发送律师函、申请仲裁或提起诉讼等，以尽快追回损失。
综上所述，员工预支跑路后，公司可通过合同与规章制度、协商与调解、法律途径等方式追偿；员工则需承担民事责任，并可能面临劳动纪律和职业道德的处分。如有具体法律问题，欢迎直接向我咨询。