结论：公司发工资并没有不能超过5000元的规定。这一误解可能源于对个人所得税法相关条款的错误解读。下面我将从多个角度为你详细解释这个问题。

法律层面分析

1. 工资支付规定：

   • 根据《劳动法》和《劳动合同法》等法律，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠。
   • 工资支付必须不低于当地最低工资标准。例如，如果当地最低工资标准是1800元，公司支付给员工的工资就不能低于这个水平，但并没有上限限制。

2. 个人所得税法：

   • 个人所得税是针对个人综合所得进行征收的，包括工资、薪金所得等。
   • 当个人工资超过5000元时，超出的部分需要按照7级超额累进税率缴纳个人所得税。但这并不意味着公司不能发放超过5000元的工资，而是指超出部分需依法纳税。
   • 具体税率如下：工资在1至5000元之间（含5000元），税率为0%；工资在5001至8000元之间（含8000元），税率为3%；随着工资的增加，税率逐步上升，最高可达45%。

公司自身角度考量

1. 成本考量：

   • 一些小型企业或处于创业初期、经营困难阶段的公司，由于资金有限和运营成本压力大，可能在工资设定上相对保守。但这并不意味着所有公司都不能或不愿发放超过5000元的工资。

2. 岗位价值与市场行情：

   • 公司会根据岗位的技术含量、市场替代性以及当地同类型岗位的市场薪酬水平来设定工资。例如，高技能岗位或管理岗位的工资可能会远高于5000元。

员工权益保护

• 如果员工认为公司不合理地限制工资发放，且与自身的劳动付出、市场行情严重不符，可以首先与公司进行协商沟通。
• 协商不成的情况下，员工可以通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。劳动仲裁机构会根据相关法律法规和实际情况，对工资纠纷进行公正裁决。

实际案例解析

以月工资6000元为例（不考虑专项扣除和专项附加扣除）：

• 每月应纳税所得额 = 6000元 - 5000元起征点 = 1000元；
• 对应税率为3%；
• 每月应纳个人所得税 = 1000元 × 3% = 30元。

若考虑专项扣除（如社会保险费和住房公积金）和专项附加扣除（如子女教育、赡养老人等支出），则应纳税所得额会相应减少，从而降低应纳税额。

建议：

• 作为员工，应了解自己的权益和税收政策，合理规划个人财务。
• 作为公司，应遵守相关法律法规，确保工资支付的合法性和合规性，并充分考虑员工的劳动付出和市场行情来设定合理的工资水平。

如果你有任何关于劳动纠纷或合同纠纷的法律问题，都可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。