结论前置：在合同中原本约定仲裁，但在合同执行快完毕时双方又协议选择诉讼的情况下，法院是否接受立案取决于双方协议变更争议解决方式的具体情况及是否符合法律规定。以下从不同角度进行分析：
一、协议变更争议解决方式的法律效力
意思自治原则：根据《中华人民共和国仲裁法》及相关法律规定，当事人有权在合同中约定争议解决方式，包括仲裁或诉讼。同时，当事人也有权在合同履行过程中，通过协商一致变更原约定的争议解决方式。这种变更体现了当事人的意思自治原则，是合法有效的。
变更协议的形式与内容：双方协议变更争议解决方式，应当采用书面形式，并明确约定变更后的争议解决方式为诉讼。如果变更协议内容明确、合法，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该变更协议是有效的。
二、法院接受立案的条件
符合起诉条件：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，起诉必须符合下列条件：（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；（二）有明确的被告；（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。如果双方协议变更后的争议解决方式为诉讼，且起诉符合上述条件，那么法院应当接受立案。
不存在仲裁协议或仲裁条款：如果双方在变更协议中明确排除了仲裁条款，或者原仲裁条款因变更而失效，且没有新的仲裁协议产生，那么法院在审查起诉时，不会因存在仲裁协议或仲裁条款而拒绝立案。
三、可能存在的法律风险与应对
变更协议的效力争议：如果一方对变更协议的效力提出异议，认为变更协议存在欺诈、胁迫、重大误解等情形，导致变更协议无效或可撤销，那么这可能会成为法院审查立案时的一个争议点。在这种情况下，法院可能会要求双方提供证据证明变更协议的效力，或者根据案件情况决定是否需要中止诉讼，待变更协议的效力问题解决后再恢复诉讼。
原仲裁条款的残留影响：尽管双方已经协议变更争议解决方式为诉讼，但如果原仲裁条款在变更协议中未被明确排除，或者变更协议的表述存在模糊之处，那么这可能会引发关于原仲裁条款是否仍然有效的争议。为了避免这种争议，双方在变更协议中应当明确排除原仲裁条款的适用。
法律建议：为了避免不必要的法律风险和争议，建议双方在协议变更争议解决方式时，务必采用书面形式，并明确、具体地约定变更后的争议解决方式为诉讼，同时排除原仲裁条款的适用。如果遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。