手续不全的情况下，能否起诉要工程款需分情况讨论，具体如下：

1. 若手续不全但工程已实际履行且质量合格
   根据《民法典》第七百九十九条及《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二十四条，即使合同无效（如未取得建设工程规划许可证、未办理施工许可证等），只要工程经竣工验收合格，承包人仍有权请求参照合同约定支付工程价款。此时手续不全不影响起诉主张权利，但需重点准备以下证据：

   • 实际施工的证据（如施工日志、材料采购单、监理签字文件等）；
     
   • 工程验收合格的证明（如五方验收单、质量检测报告）；
     
   • 双方对工程量的确认文件（如结算单、签证单）。
     

2. 若手续不全且工程未完工或质量不合格
   若工程因手续缺失被责令停工，或质量未达约定标准，承包人可能面临以下风险：

   • 发包人可能以“合同无效”或“质量不合格”为由拒付工程款；
     
   • 若承包人存在过错（如未取得资质施工），可能被要求返还已支付款项或赔偿损失。
     此时起诉需谨慎，建议先通过协商或补充手续（如补办施工许可证）降低风险。

3. 若手续不全但发包人已实际使用工程
   根据司法解释，发包人擅自使用未竣工验收工程的，视为认可工程质量合格，承包人仍可主张工程款，但需证明发包人已实际使用（如照片、视频、物业交接记录等）。

实务建议：

• 起诉前尽量补全手续（如补办许可证、补签合同），增强证据效力；
  
• 若手续无法补全，优先收集实际施工及验收合格的证据；
  
• 涉及政府工程或特殊项目（如环保工程），需额外关注行业规范对手续的要求。
  

如有具体案件细节（如手续缺失类型、工程进度、合同条款等），可进一步向我咨询，我会结合证据链为您制定诉讼策略。