公司查出员工有肝硬化后直接将其辞退，这种行为通常是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：

法律依据角度

1. 《劳动合同法》第四十二条：明确指出，劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内，用人单位不得解除劳动合同。医疗期的时长根据员工的实际工作年限和在本单位工作年限确定，确保员工有足够的时间进行治疗和恢复。肝硬化作为一种疾病，员工在医疗期内，公司是无权解除劳动合同的。

2. 《劳动合同法》第四十条：规定即使医疗期满，若员工不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位需提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，方可解除劳动合同，并且需要支付经济补偿。这意味着，即使医疗期满，公司也不能直接辞退员工，而是需要遵循一定的程序和条件。

3. 《劳动合同法》第三十九条：并未将患有肝硬化列为可以解除劳动合同的情形。因此，公司不能仅凭员工患有肝硬化就解除劳动合同。

4. 《就业促进法》第二十九条：强调国家保障残疾人的劳动权利，用人单位招用人员时不得歧视。虽然肝硬化患者不一定属于残疾人，但仅以肝硬化为由辞退员工可能涉嫌就业歧视，违反平等就业的精神。

具体情况分析角度

1. 员工工作能力未受影响：如果员工的肝硬化并未影响其工作能力，公司则不能以此为由辞退员工。否则，公司将面临支付赔偿金的法律风险。赔偿金的标准为经济补偿标准的二倍。

2. 员工工作能力受影响：如果员工因肝硬化无法胜任工作，且经过培训或调整工作岗位后仍不能胜任，公司可以解除劳动合同。但在此之前，公司必须履行提前通知或额外支付工资的程序，并支付经济补偿。

实际操作建议角度

1. 合理安排工作：当公司查出员工有肝硬化时，应首先评估其工作能力，并根据病情合理安排工作，避免将其置于不适合的岗位。这有助于保护员工的健康，同时也有助于维护公司的正常运营。

2. 遵守医疗期规定：在员工处于医疗期内时，公司应严格遵守法律规定，不得解除劳动关系。公司应确保员工能够安心治疗，并为其提供必要的支持和帮助。

3. 依法辞退：如需辞退因病不能胜任工作的员工，公司应确保已履行所有法定程序，包括提前通知、支付经济补偿等。这有助于避免法律纠纷，并维护公司的声誉和形象。

综上所述，公司在处理员工肝硬化问题时，应秉持合法、合规的原则，综合考虑员工的实际情况和法律规定，做出合理决策。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律建议和帮助。