公司查出员工有肝硬化后直接将其辞退，这种行为通常是不合法的。以下从多个角度进行详细分析：
一、肝硬化员工的就业权利与保护
根据《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》以及相关就业促进法规，肝硬化员工享有与其他员工同等的就业权利。用人单位不得因员工患有肝硬化而拒绝招用或辞退，除非国家法律、行政法规和卫生部明确规定禁止从事的易使疾病扩散的工作。这一规定旨在保护肝硬化患者作为弱势群体的就业权益，避免就业歧视。
二、辞退肝硬化员工的合法条件
医疗期保护：
- 员工患病（包括肝硬化）在规定的医疗期内，用人单位不得解除劳动合同。医疗期的具体长度根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限而定，一般为三个月到二十四个月不等。在医疗期内，员工有权享受病假工资或疾病救济费，并接受医疗救治。
调岗与辞退：
- 若员工在医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位在提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同。但此过程必须严格履行法定程序，包括评估员工的工作能力、提供合理的调岗机会、支付经济补偿等。
- 经济补偿的计算方式通常根据员工在用人单位的工作年限和月工资标准来确定。具体公式为：经济补偿=工作年限×月工资。其中，月工资是指员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
严重违纪等特殊情况：
- 若肝硬化员工存在严重违纪、严重失职等情形，且用人单位有充分证据支持，可依法解除劳动合同。但需注意程序的合法性和证据的充分性，确保辞退行为符合法律法规的规定。
三、违法辞退的法律后果
- 如果用人单位违反法律规定解除或终止劳动合同，劳动者有权要求继续履行劳动合同或获得经济补偿标准的二倍作为赔偿金。这意味着，如果公司未经合法程序辞退肝硬化员工，将面临支付高额赔偿金的法律风险。
四、实际操作建议
- 合理安排工作：当公司查出员工有肝硬化时，应首先评估其工作能力，并根据病情合理安排工作，避免将其置于不适合的岗位。这有助于保护员工的身体健康，同时减少因工作原因导致的病情加重风险。
- 遵守医疗期规定：在员工处于医疗期内时，公司应严格遵守法律规定，不得解除劳动关系，确保员工能够安心治疗。公司应支付员工病假工资或疾病救济费，并提供必要的医疗救治支持。
- 依法辞退：如需辞退因病不能胜任工作的员工，公司应确保已履行所有法定程序，包括提前通知、支付经济补偿等。在辞退过程中，公司应与员工进行充分沟通，解释辞退的原因和依据，并确保员工的合法权益得到妥善保护。
综上所述，公司在处理员工肝硬化问题时，应秉持合法、合规的原则，综合考虑员工的实际情况和法律规定，做出合理决策。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。