结论：同一公司工资不一样但公积金一样，是否合法不能一概而论，需分情况讨论。以下从不同角度进行分析：

1. 公积金缴存基数与工资的关系
   根据《住房公积金管理条例》第十六条，职工住房公积金的月缴存额为职工本人上一年度月平均工资乘以职工住房公积金缴存比例。单位为职工缴存的住房公积金的月缴存额为职工本人上一年度月平均工资乘以单位住房公积金缴存比例。
   若公司以“统一基数”而非实际工资作为公积金缴存基数（例如均按当地最低工资标准缴纳），则可能涉嫌违法。因为法律明确要求以“职工本人上一年度月平均工资”为基数，若公司人为调整基数导致低缴，员工可要求补缴差额或向住房公积金管理中心投诉。

2. 工资差异的合法性前提
   工资差异本身可能因岗位、绩效、工龄等因素合法存在（如《劳动法》第四十七条允许用人单位自主确定工资分配方式）。但若工资差异基于歧视性原因（如性别、种族、宗教等），则违反《劳动法》第十二条，属于违法行为。此时即使公积金缴存比例相同，工资差异部分仍可能因违法而无效。

3. 公积金缴存比例的统一性
   根据《住房公积金管理条例》第十八条，职工和单位的住房公积金缴存比例均不得低于职工上一年度月平均工资的5%；有条件的城市，可以适当提高缴存比例。同一单位内，职工和单位的缴存比例应当一致，但不同职工的缴存基数（即工资）可以不同。因此，若公司对所有员工采用相同的缴存比例，但因工资基数不同导致公积金缴存额不同，这是合法的；但若公司对部分员工降低缴存比例或基数，则可能违法。

建议行动：

• 若您发现公司未按实际工资缴纳公积金，可要求公司出示工资基数计算依据；
  
• 若公司拒绝改正，可向当地住房公积金管理中心举报（需提供劳动合同、工资条等证据）；
  
• 若工资差异涉及歧视，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。