总包单位在劳务分包人不对农民工工资进行确认的情况下，确实有权直接代发工资。这一结论主要基于以下几点法律分析和现实操作层面的考虑：
法律赋予的权利与义务：
- 根据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，工程建设领域推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度。这意味着，即使劳务分包人不对农民工工资进行确认，总包单位也承担着代发工资的法律义务，以确保农民工工资的及时、足额支付。
- 总包单位需根据分包单位编制的工资支付表（尽管分包人未确认，但总包可依据其他可靠证据如考勤记录、工作量等编制），通过农民工工资专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户，并向分包单位提供代发工资凭证。
总包对工资支付的总责：
- 施工总承包单位对分包单位的劳动用工和工资发放情况负有监督责任。若分包单位拖欠农民工工资，施工总承包单位需先行清偿，再依法进行追偿。这一规定强化了总包单位在保障农民工工资支付中的关键地位，即使分包人不对工资进行确认，总包单位也不能因此免除其支付责任。
现实操作层面的意义：
- 资金管控优势：总包单位在工程资金的掌握和调配方面通常具有更强的能力和资源。由总包单位来支付农民工工资，可以更好地对资金进行统筹安排和监管，确保农民工工资的及时支付，避免因分包单位资金问题导致的欠薪事件。
- 监管与协调便利：作为工程项目的核心管理者，总包单位对工程的进度、质量、人员等方面都有全面的了解和掌控。由总包单位负责支付农民工工资，便于其对分包单位的用工情况和工资发放情况进行监督和管理，一旦发现问题可以及时协调解决，有效维护农民工的合法权益。
法律建议：
- 对于总包单位而言，应严格遵守《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，建立健全工资支付管理制度，确保农民工工资的及时、足额支付。
- 在劳务分包人不对农民工工资进行确认的情况下，总包单位应积极与分包单位沟通，要求其提供必要的工资支付证据，或依据其他可靠证据（如考勤记录、工作量等）编制工资支付表，并依法代发工资。
- 若分包单位拒不配合或存在其他违法行为，总包单位应及时向相关部门报告，并依法追究其法律责任。
可能法律后果：
- 若总包单位未能履行保障农民工工资支付的责任，可能会面临法律责任和声誉风险。根据《保障农民工工资支付条例》等相关规定，总包单位可能会受到行政处罚，并需承担因欠薪引发的民事赔偿责任。
- 此外，欠薪行为还可能影响总包单位的商业信誉和行业地位，对其未来的业务发展造成不利影响。
综上所述，总包单位在劳务分包人不对农民工工资进行确认的情况下，有权且应当直接代发工资，以确保农民工的合法权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。