结论：总包单位在农民工工资由其代付但未及时发放的情况下，确实负有责任。这一责任主要来源于法律法规的明确规定以及总包单位在工程建设中的核心地位和管理职责。
详细分析：
法律法规的明确规定：
- 根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，总包单位在工程建设中不仅有权支付农民工工资，而且承担着确保农民工工资及时、足额支付的重要责任。这一制度设计旨在保护农民工的合法权益，防止因分包单位问题导致的欠薪事件。
- 具体来说，总包单位需根据分包单位编制的工资支付表，通过农民工工资专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户，并向分包单位提供代发工资凭证。若分包单位拖欠农民工工资，总包单位需先行清偿，再依法进行追偿。
总包单位的管理职责：
- 总包单位作为工程建设的核心管理者，对工程的进度、质量、人员等方面都有全面的了解和掌控。因此，由总包单位负责支付农民工工资，便于其对分包单位的用工情况和工资发放情况进行监督和管理。
- 总包单位需在工程项目部配备劳资专管员，负责监督分包单位的劳动用工情况，包括用工、考勤和工资支付等，确保分包单位合规操作。同时，总包单位应定期审核分包单位编制的农民工工资支付表，确保工资支付的准确性和及时性。
未及时发放工资的法律后果：
- 若总包单位未按照法律法规的规定及时、足额支付农民工工资，将面临劳动保障行政部门的责令限期支付、加付赔偿金等法律责任。
- 此外，总包单位还可能受到信用惩戒，如不良行为记录被记入信用档案，影响其市场准入、招投标等活动。这不仅会对总包单位的声誉造成损害，还可能对其未来的业务发展产生不利影响。
建议与行动：
- 对于总包单位：应严格遵守相关法律法规和合同约定，切实履行好保障农民工工资支付的责任。建立健全的工资支付管理制度，确保农民工工资得到及时、足额的支付。同时，加强对分包单位的监督和管理，防止因分包单位问题导致的欠薪事件。
- 对于农民工：若遇到总包单位未及时发放工资的情况，应及时向总包单位或相关部门反映情况，并保留好相关证据（如工资支付表、考勤记录等）。必要时，可以寻求法律援助或向劳动保障行政部门投诉举报，以维护自己的合法权益。
总结：总包单位在农民工工资由其代付但未及时发放的情况下，确实负有责任。这一责任不仅来源于法律法规的明确规定，也源于总包单位在工程建设中的核心地位和管理职责。因此，总包单位应严格遵守相关法律法规和合同约定，切实履行好保障农民工工资支付的责任。同时，农民工也应积极维护自己的合法权益，及时反映问题并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。