结论：在农民工工资被包工头拿走的情况下，总包单位通常是需要承担责任的，具体责任需根据实际情况和法律规定来确定。
法律背景与责任分析：
总包单位的支付与监管责任：
- 根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，总包单位在工程建设中不仅有权支付农民工工资，而且承担着确保农民工工资及时、足额支付的重要责任。总包单位需通过农民工工资专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户，并向分包单位提供代发工资凭证。
- 总包单位对分包单位的劳动用工和工资发放情况负有监督责任。若分包单位（包括包工头）拖欠农民工工资，总包单位需先行清偿，再依法进行追偿。这一规定旨在强化总包单位在保障农民工工资支付中的关键地位，防止因分包单位问题导致的欠薪事件。
包工头拿走工资的特殊情况：
- 如果包工头作为分包单位的代表或实际控制人，拿走了农民工的工资并未实际发放给农民工，这实际上构成了分包单位拖欠工资的行为。在此情况下，总包单位仍需承担先行清偿责任，即先支付农民工被拖欠的工资，再向包工头或分包单位追偿。
- 若总包单位能够证明其已按照法律规定和合同约定，将工资足额支付给了包工头或分包单位，且包工头或分包单位未将工资发放给农民工，总包单位在承担先行清偿责任后，有权向包工头或分包单位进行全额追偿。但这一过程中，总包单位需承担举证责任，证明其已履行了支付和监管义务。
总包单位可能面临的法律后果：
- 如果总包单位未履行保障农民工工资支付的责任，可能会面临劳动保障行政部门的责令限期支付、加付赔偿金等法律责任。
- 此外，总包单位还可能受到信用惩戒，如不良行为记录被记入信用档案，影响其市场准入、招投标等活动。
法律建议：
- 对于农民工：如果发现包工头拿走了工资并未实际发放，应立即向总包单位反映情况，并要求总包单位先行支付被拖欠的工资。同时，可以向当地劳动保障行政部门投诉，寻求法律援助和维权支持。
- 对于总包单位：应加强对分包单位和包工头的监管，确保工资支付流程的合规性和透明性。在支付工资时，应直接支付到农民工本人的银行账户，并保留好相关支付凭证和记录。一旦发现包工头或分包单位存在拖欠工资的行为，应立即采取措施进行追偿，并承担先行清偿责任。
可能的其他情况：
- 如果包工头与总包单位之间存在恶意串通、虚构工资支付记录等违法行为，总包单位不仅需承担先行清偿责任，还可能面临更严重的法律后果，如刑事责任等。
- 在实际操作中，如果总包单位与分包单位之间的合同约定不明确或存在争议，也可能导致责任划分不清的情况。因此，建议总包单位在签订合同时，应明确约定工资支付的责任主体、支付方式、支付周期等关键条款，以避免潜在的法律风险。
总之，在农民工工资被包工头拿走的情况下，总包单位通常是需要承担责任的。具体责任需根据实际情况和法律规定来确定，并建议双方通过协商、投诉或法律途径来解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。