关于甲方收到乙方结算资料后3年内办理结算是否合法的问题，这主要涉及到诉讼时效的法律规定。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，诉讼时效是权利人向人民法院请求保护其民事权利的法定期限。根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年，法律另有规定的，依照其规定。这意味着，在一般情况下，如果权利人在三年内没有行使请求权，那么其权利可能不再受法律保护。
现在，我们具体到这个问题上：甲方收到乙方结算资料后3年内办理结算。这里的关键是“办理结算”这一行为是否构成对某种权利的行使，以及这种权利是否受到诉讼时效的限制。
如果“办理结算”是乙方对甲方的一种请求权（例如，乙方要求甲方支付货款或服务费等），那么乙方应当在知道或应当知道其权利受到损害之日起三年内行使这一请求权。如果乙方在这三年内没有行使，且没有诉讼时效中断或中止的情形，那么甲方可能会以诉讼时效已过为由进行抗辩，乙方可能因此失去法律保护。
如果“办理结算”并不直接构成一种请求权，而是双方合同或协议中的一个环节，那么诉讼时效的问题可能就不那么直接相关。但是，如果结算过程中涉及到乙方对甲方的某种权利主张（如要求支付、确认债务等），那么这些权利主张仍然可能受到诉讼时效的限制。
特殊情况：如果双方在合同或协议中明确约定了结算的期限，并且这个期限超过了三年，那么这一约定可能是有效的，只要它不违反法律的强制性规定。但是，如果乙方在约定的期限内没有行使权利，并且没有诉讼时效中断或中止的情形，那么甲方仍然可能以诉讼时效已过为由进行抗辩。
总结来说：甲方收到乙方结算资料后3年内办理结算本身并不直接涉及合法性的问题，但关键在于结算过程中涉及的权利主张是否受到诉讼时效的限制。如果乙方在三年内没有行使其请求权，并且没有诉讼时效中断或中止的情形，那么其权利可能不再受法律保护。
建议：为了确保双方权益，建议在合同或协议中明确约定结算的期限和方式，并尽可能在约定的期限内完成结算。同时，如果乙方在结算过程中涉及权利主张，应当及时行使权利，并保留好相关证据，以防止诉讼时效过期带来的不利后果。