该劳务公司工程款结算合同的约定是否合法，需根据具体情况及合同法的相关规定来判断。以下是对该问题的详细分析：

1. 合同自由原则：

   • 根据《民法典》合同编的相关规定，合同是当事人之间设立、变更、终止民事法律关系的协议，依法成立的合同受法律保护。
   • 当事人有权在合同中约定各自的权利和义务，包括工程款的支付方式和时间。

2. 工程款支付条款的合法性：

   • 合同中约定“签订完工结90%，两年内结95%，三年后结清”的支付条款，本身并不直接违反法律的强制性规定。
   • 但该条款的合法性还需考虑其他因素，如是否违反了公平原则、是否损害了对方当事人的合法权益等。

3. 可能存在的问题：

   • 如果该支付条款显著不公平，例如劳务公司承担了过大的风险，而对方当事人则获得了过于优越的地位，那么该条款可能因违反公平原则而被认定为无效或部分无效。
   • 如果该支付条款的约定导致了劳务公司无法及时获得工程款，进而影响了其正常的生产经营活动，甚至导致了经济损失，那么该条款也可能因损害对方当事人合法权益而被质疑其合法性。

4. 建议：

   • 在签订此类合同时，建议双方充分协商，确保支付条款的公平性和合理性。
   • 如果对支付条款的合法性存在疑虑，可以寻求专业律师的帮助进行审查和指导。

综上所述，该劳务公司工程款结算合同的约定是否合法，需根据具体情况及合同法的相关规定来判断。如果合同内容符合法律要求，且未违反公平原则或损害对方当事人的合法权益，那么该约定应被视为合法有效。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。