合同中甲乙双方约定由第三方付款，这样的约定本身是合法的，但具体是否有效及能否实际履行，需结合具体情况分析。以下从不同角度为你详细阐述：
合法性基础
从法律原则和规定来看，合同具有相对性，通常约束合同双方。但法律并不禁止合同双方约定由第三人履行债务或向第三人履行债务。例如，《中华人民共和国民法典》第五百二十三条规定：“当事人约定由第三人向债权人履行债务，第三人不履行债务或者履行债务不符合约定的，债务人应当向债权人承担违约责任。”这表明，合同双方可以约定由第三方付款，且该约定在法律层面是被认可的。
有效性分析
第三人同意：虽然合同双方可以约定由第三方付款，但这一约定要产生实际效力，通常需要第三方的同意或追认。如果第三方明确表示不愿意付款，或者事后拒绝付款，那么这一约定可能无法实际履行，此时付款责任仍会回到债务人（即合同中的乙方，如果乙方是收款方约定的由第三方付款的情况，则此处指应付款方）身上。
合同内容明确：合同中应明确约定由第三方付款的具体条款，包括第三方的名称、付款金额、付款时间等，以避免因条款不明确而产生的纠纷。
不违反法律强制性规定：合同内容应合法合规，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。如果约定由第三方付款的内容违反了这些原则，那么该约定可能是无效的。
实际履行中的风险
第三方履约能力：即使合同中约定了由第三方付款，也需要考虑第三方的履约能力。如果第三方因资金问题或其他原因无法按时付款，那么债权人的权益可能会受到损害。
债务人责任：如前所述，如果第三方不履行付款义务，债务人仍需向债权人承担违约责任。这意味着，债务人不能因为约定了由第三方付款就免除自己的付款责任。
举例说明
假设甲乙双方签订了一份买卖合同，约定甲方（卖方）向乙方（买方）交付货物，同时约定由丙方（第三方）向甲方支付货款。这一约定在法律上是合法的。但如果丙方拒绝付款或无力付款，甲方仍有权要求乙方支付货款，因为乙方是合同中的债务人。当然，如果甲方因丙方的付款行为而遭受了损失（如丙方付款延迟导致的利息损失等），甲方也可以根据合同约定或法律规定向乙方或丙方追偿。
总结与建议：合同中甲乙双方约定由第三方付款是合法的，但具体是否有效及能否实际履行需结合第三方的同意、合同内容的明确性以及是否违反法律强制性规定等因素进行综合判断。在签订此类合同时，建议明确约定各方的权利和义务，并考虑可能的风险和应对措施。如果你在实际操作中遇到了相关问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。