委托第三方付款协议在符合相关法律规定、双方真实意思表示，且不存在恶意串通、非法目的等情形下，是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、合法性依据
具备有效要件：
- 真实意思表示：协议的签订必须是各方当事人真实意愿的体现，无欺诈、胁迫等情形。例如，在商业交易中，买卖双方协商一致，由买方委托第三方支付货款，且各方均明确知晓并同意此安排，则协议基于真实意思表示订立，合法有效。
- 主体适格：签订协议的各方需具备相应的民事行为能力，包括自然人需年满十八周岁（或十六周岁以上以自己的劳动收入为主要生活来源）且精神状态正常；法人或其他组织需依法成立并具备权利能力和行为能力。
- 内容合法：协议内容不得违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗。委托付款应用于合法的商业往来、债务清偿等正当用途。
符合委托代理规定：
- 委托第三方付款本质上属于委托代理行为，需符合《中华人民共和国民法典》中关于委托代理的规定。委托人应向第三方出具明确的授权委托书，载明委托事项、权限和期限等内容。
- 第三方在授权范围内实施的付款行为对委托人产生法律效力。
得到债权人认可：
- 在涉及债务清偿的委托第三方付款协议中，若债权人明确表示同意或接受第三方的付款，则该协议具有法律效力。
二、可能存在问题的情形
恶意串通与非法目的：
- 若委托人和第三方恶意串通，损害债权人或其他第三方利益，协议可能被认定为无效。
- 当协议被用于非法活动时（如洗钱、逃避税收等），其合法性将受到质疑，并可能因违法而无效。
缺乏明确授权或追认：
- 若第三方未获得委托人明确授权擅自代付款项，或付款后未得到委托人追认，可能引发法律纠纷。
三、风险防范措施
签订书面协议：
- 双方应签订详细的书面协议，明确约定委托事项、金额、支付方式、期限等关键条款，以确保协议的合法性和有效性。
资信调查：
- 在签订协议前，双方应对受托方的资信状况进行充分调查，包括了解其信誉、财务状况、业务能力等，以确保交易的安全性和可靠性。
明确授权与追认：
- 委托人应出具明确的授权委托书，并在必要时对第三方的行为进行追认，以避免法律纠纷。
法律咨询：
- 如有必要，可寻求专业法律人士的帮助，对协议内容进行审核和指导，以降低法律风险。
四、实际操作建议
- 确保交易真实性：双方应确保交易的真实性和合法性，避免参与任何非法活动或恶意串通行为。
- 保留相关凭证：无论是委托方还是受托方，均应妥善保存相关凭证，如协议文本、支付单据等，以便在发生纠纷时作为证据维护自身权益。
- 建立风险控制机制：各方应建立完善的风险控制机制，包括风险评估、监控和应对措施等，以应对可能出现的违约或纠纷。
总结来说，委托第三方付款协议在符合法律规定和双方真实意思表示的前提下是合法的。然而，由于存在一定的法律风险，双方在采用这种支付方式时应谨慎对待，充分了解相关法律风险并采取相应的防范措施。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。